Hur vi vet att det började i Wuhan

Jag har återbesökt bevisen från tidig spridning av viruset 2019 och de första bekräftade fallen och jag har kommit fram till vad jag tror är det mest sannolika händelseförloppet för hur viruset uppstod.

För att göra en lång (aktig) historia kort, det ser ut som att viruset spred sig globalt under andra halvan av november 2019. Det som var svårt att förstå var varför, om det fanns i länder runt om i världen den vintern, sprängämnet utbrott började först i februari och mars 2020.

När vi återigen tittar närmare på rapporterna om virusets uppkomst, verkar det som om det beror på att virusets resa från första uppkomsten hösten 2019 till explosiva utbrott i början av 2020 skedde på ett långsammare och mer förskjutna sätt än vi kunde förvänta oss av en enkel förståelse för virus. Det beror inte på att viruset inte fanns i länder innan det orsakade explosiva utbrott där – det är det förenklade antagandet som motsägs av data – utan för att viruset inte alltid orsakar explosiva utbrott när det är närvarande.

Det nya SARS-liknande viruset verkar först ha börjat infektera människor runt slutet av oktober 2019. Detta var mycket troligt i Wuhan. Det kan antydas att om viruset spreds globalt i november 2019 så kunde det ha börjat var som helst och det faktum att det först upptäcktes i Wuhan antyder ingenting om var det började.

Det verkar dock som att decemberutbrottet i Wuhan där det först upptäcktes var det största hittills. Dessutom var Wuhan den följande månaden det första stället att uppleva ett explosivt utbrott som beskattade sjukvården, några veckor innan någon annanstans. Det faktum att det var före kurvan i dessa större utbrott är en stark indikator på att viruset hade funnits längst och ursprungligen dök upp där.

Molekylär klocka studier, som analyserar den genetiska sammansättningen av tidiga fall för att beräkna när deras senaste gemensamma förfader fanns, tenderar att sätta virusets uppkomst i slutet av oktober eller början av november, vilket är förenligt med global spridning mot slutet av november. 

I Kina, a läckt regeringsrapport på tidiga fall i Wuhan identifierade nio patienter på sjukhus i november 2019 med vad som senare bekräftades som covid-19 (det tidigaste symtomdebutdatumet var den 17 november), även om dessa aldrig har lagts till den officiella summan. A studera hävdade också att de inte hittade några neutraliserande antikroppar hos Wuhan-blodgivare i september till december 2019, även om det är oklart hur tillförlitligt detta är.

I Brasilien, avloppsvattenprover blev positivt den 27 november 2019, vilket tyder på betydande spridning av SARS-CoV-2 i slutet av månaden. Intressant, prover från Italien i en separat studie blev det inte positivt förrän den 18 december. Inga positiva avloppsvatten har dykt upp tidigare än så här någonstans (förutom ett onormalt positivt för Barcelona i mars 2019 anses det allmänt vara en falskt positivt).

I England, Imperials REACT-studie testade omkring 150,000 2021 personer för antikroppar i början av XNUMX och frågade de som testade positivt när de kom ihåg att de hade symtom. Detta resulterade i följande graf. 

En anmärkningsvärd ökning av symtomatisk sjukdom kan ses från slutet av november 2019 till en stadig nivå som fortsätter under vintern. Det explosiva utbrottet av den första vågen i slutet av februari 2020 är också tydligt. Den här grafen illustrerar på ett snyggt sätt hur viruset kan cirkulera i månader på låg nivå (tre månader i det här fallet), inklusive genom vinterinfluensasäsongen, innan ett explosivt utbrott inträffar, uppenbarligen ur det blå.

Vi har inga bra data från USA om tidig spridning eftersom landet konsekvent har misslyckats med att genomföra studier på lagrade prover av avloppsvatten eller från individer, förutom en Röda Korsets antikroppsstudie som hittade antikroppar i mitten av december 2019 men inte tittade på tidigare prover eller bekräftade med testning för viralt RNA.

Icke desto mindre har det inte funnits någon brist på nyhetsrapporter från USA som har berättat berättelserna om flera individer som blev sjuka av Covid-liknande sjukdom i november 2019 och senare testade positivt för Covid-antikroppar (när de inte hade varit sjuka under tiden) .

Dessa individer inkluderar Michael Melham från New Jersey, som rapporterar att ha blivit smittad tillsammans med flera andra vid en konferens runt den 21 november 2019; Uf Tukel, som rapporterar att ha smittats i Florida tillsammans med 10 andra i slutet av november 2019; Stephen Taylor och hans fru, smittade i Texas i november 2019; och Jim Rust, infekterad i Nebraska samma månad. Bill Rice, Jr. har samlade ihop mediaberättelserna om dessa tidiga antikroppsbekräftade fall i USA. Det är anmärkningsvärt att ingen av dem säger sig ha blivit smittad före november.

Dessa bevis från slutet av november spridning i Kina, Brasilien, England och Amerika är, tror jag, mycket övertygande; även om ett eller två av fallen visar sig vara felaktiga, tror jag inte det är troligt att alla kommer att vara det. De överensstämmer också med uppskattningarna av de tidigare nämnda molekylära klockstudierna.

Dessa bevis tyder på att viruset inte spreds globalt mycket tidigare än så här. Detta är baserat på det negativa i avloppsvattenstudierna, de försumbara nivåerna i Imperial-studien, bristen på amerikaner som rapporterar sjukdom och frånvaron av patienter i Kina. De studier som verkar visa tidigare global spridning än så kan bero på korsreaktion av antikroppar eller kontaminering av PCR-testet med hög förstoring.

Detta gör att vi kan dra slutsatsen att viruset spred sig på en låg nivå runt om i världen i slutet av november 2019, men förmodligen inte mycket tidigare än så här. Vad hände sedan?

Utbrottet på Huanan-marknaden verkar ha börjat runt den 1 december – detta var det tidigaste datumet för symtomdebut i första klustret av bekräftade Covid-patienter, som började läggas in på sjukhus den 16 december. Detta utbrott verkar ha varit betydligt större än andra utbrott fram till dess. Den 2 januari hade 41 patienter varit bekräftade som inlagd på sjukhus med ett positivt Covid-test tillsammans med lunginflammation och en karakteristisk CT-skanning av bröstet; sex av dem dog senare.

Det var åtminstone detta kluster av sjukhusinläggningar som ledde till upptäckten av viruset nio prover från dessa patienter skickades av kliniker för genomisk analys mellan 24 december och 31 december 2019. Detekteringen av viruset i utbrottet på våtmarknaden tycks därför ha varit en direkt följd av utbrottets svårighetsgrad – det orsakade betydligt fler sjukhusinläggningar än andra utbrott fram till dess och fick ett antal läkare att oberoende skicka prover för identifiering. Detta gjorde det i princip oundvikligt att det skulle upptäckas under detta utbrott.

Som sagt, utbrottet var väldigt litet jämfört med de flesta av vågorna vi sett sedan 2020, och faktiskt jämfört med vad som hände i Kina månaden därpå. Att titta på kurvan för rapporterade Covid-dödsfall för Kina 2020 indikerar att det explosiva utbrottet i regionen inte riktigt började förrän de första dagarna av januari (genom att räkna tillbaka cirka 20 dagar).

Detta kan förklara varför det fanns initial Osäkerheten om huruvida det förekom överföring från människa till människa, medan det den 14 januari blev allt mer uppenbart att det var som de var mitt i en explosiv våg för första gången. Det var sannolikt också erkännandet av detta explosiva utbrott som fick de kinesiska myndigheterna att införa restriktioner för Wuhan från den 23 januari.

Konstigt nog upprepades inte det explosiva januariutbrottet i Hubei-provinsen i andra delar av Kina, som i stort sett lämnades obekymrade av viruset vid denna tidpunkt. Istället var nästa plats att se ett explosivt utbrott Sydkorea, över en månad senare i februari, och återigen var den konstigt nog begränsad till stor del till en stad, Daegu. Det var i samma skala som Wuhan-utbrottet med ett liknande antal dödsfall.

Därefter var det turen till Italien och Iran att uppleva explosiva utbrott, med början i mitten av februari. Utbrottet i Italien var fortfarande huvudsakligen begränsat till en del av landet, även om omfattningen av det var bortom allt man sett, och det iranska utbrottet var av en liknande storlek. Sedan följde New York och nordöstra USA, och även England, Frankrike och mycket av Västeuropa (men inte Östeuropa eller mycket av resten av USA). Alla dessa utbrott var mycket närmare till den större italienska skalan än den kinesiska och sydkoreanska skalan. Andra platser fortsatte med låg nivåspridning tills de fick sina första explosiva vågor senare under 2020, eller i vissa fall 2021 eller till och med 2022.

Det som slår mig med detta är hur storleken och omfattningen av utbrotten ökade stegvis mellan november 2019 och februari 2020. Spridningen i november 2019 var global men låg nivå. I december tog Wuhan våtmarknadsutbrottet upp ett snäpp, vilket resulterade i ett högre antal sjukhusinläggningar och därmed upptäckt av viruset. Sedan i januari upplevde Wuhan det första explosiva Covid-utbrottet och vågen av dödsfall. Och i februari började de stora europeiska och amerikanska vågorna, och steg upp skalan ytterligare flera snäpp, där den i stort sett låg kvar. (Omicron, när det kom i slutet av 2021, ökade storleken på utbrotten ytterligare men minskade dödligheten avsevärt.)

Detta ger, tror jag, en korrekt bild av hur viruset uppstod – via ett stegvis steg mot större och större utbrott från en olycklig start med låg spridning i november. Denna rörelse är, antar jag, ett resultat av genetiska förändringar i viruset, som förändrar dess överföringsförmåga i olika populationer och sammanhang – en hypotes som är i linje med slutsatserna av molekylära klockstudier.

Vi kan därför, tror jag, vara ganska säkra på att viruset först dök upp i Wuhan under hösten 2019 och inte bara upptäcktes där, eftersom Wuhan var först med att uppleva de större utbrotten i både december och januari, vilket tyder på att viruset hade varit där den längsta.

Reprinted from DailySceptic