Tidslinje: Det proximala ursprunget för SARS-CoV-2

"Det proximala ursprunget till SARS-CoV-2" är en av de mest inflytelserika vetenskapliga artiklar i historien.

I februari 2020 – ungefär en månad innan en pandemi hade förklarats – samlades fem toppvirologer för att undersöka aspekter av ett snabbt framväxande coronavirus som verkade redo att infektera mänskliga celler. I synnerhet orsakade en unik egenskap som kallas furinklyvningsplatsen oro, och till och med höll en virolog vaken hela natten. Några dagar senare drog virologerna slutsatsen att viruset inte hade konstruerats. I mars publicerades deras slutsatser i Nature Medicine.

"Vi tror inte att någon typ av laboratoriebaserat scenario är rimligt", löd artikeln.

Artikeln försäkrade mycket av media, Washington och det bredare infektionssjukdomssamhället att det inte fanns något behov av att granska laboratoriet vid pandemins epicentrum i Wuhan, Kina. Wuhan Institute of Virology är välkänt för forskning om SARS-liknande coronavirus, inklusive gain-of-function-forskning. Även om det är en "korrespondens" och inte en formell tidning, har artikeln citerats i pressen 2,127 gånger.

Det tog 15 månader och Freedom of Information Act stämningar att avslöja att var och en av de fem författarna hade uttryckt privata farhågor angående ingenjörskonst eller Wuhan Institute of Virologys lager av nya coronavirus och arbetar med relativt låga biosäkerhetsnivåer.

Också oroande: A konfidentiell telefonkonferens hade ramat in tidiga utkast till artikeln. Men flera forskare på samtalet hade hemliga intressekonflikter.

Wellcome Trust Director Jeremy Farrar organiserade telefonkonferensen på begäran av National Institute of Allergy and Infectious Diseases Director Anthony Fauci.

NIAID hade finansierat Wuhan Institute of Virology - ett faktum Fauci hade blivit varnad om i slutet av januari. Minuter efter att ha blivit uppmärksammad av en av virologerna om att forskning pågår i Wuhan, skickade Fauci en medhjälpare för att avgöra om hans institut hade finansierat detta arbete. Fauci konfererade med det nationella säkerhetsrådet och Vita huset nästan dagligen vid den tiden, hans schema visar.

Medverkade också på inbjudan till "råd och ledarskap” men inte offentligt krediterad: chef för National Institutes of Health Francis Collins.

Två författare var senare hittades att ha samarbetade med Wuhan-labbet eller dess amerikanska partner, EcoHealth Alliance.

Christian Drosten, en framstående virolog som deltog i telefonkonferensen, listades en gång som deltagare i en "virusjakt"-projekt leds av EcoHealth Alliance.

Ron Fouchier, en annan virolog som formade artikelns centrala idéer utan kredit, är synonymt med kontroversiell virusteknik.

Författarna till artikeln "proximalt ursprung" är Scripps Research-virologen Kristian Andersen, virologen Edward Holmes vid University of Sydney, virologen Robert Garry vid Tulane School of Medicine, virologen Andrew Rambaut vid University of Edinburgh och virologen Ian Lipkin från Columbia University.

En annan virolog var särskilt frånvarande.

För Farrar, Holmes och Andersen verkade en annan amerikansk virologs arbete vara "en instruktionsmanual för att bygga Wuhan-coronaviruset i ett laboratorium."

Virolog Ralph Baric vid North Carolina University, en nära samarbetspartner till Wuhan Institute of Virology, är en ledande expert på coronavirus och tekniska tekniker. Hans forskning hade varit på centrum för debatten om att få en funktion i USA några år tidigare, vilket väckte oro som det kunde skapa "SARS 2.0."

Flera av hans papper diskuterades under samtalet, enligt presentationsbilder som erhållits under FOIA.

Men på grund av sina band till Wuhan-labbet lämnades han utanför diskussionen, enligt Holmes.

"Vi bestämde oss för att inte bjuda in Ralph Baric bara för att han var för nära WIV. ... Han är en fantastisk virolog. Han är skyldig till ingenting, det ska jag säga dig nu. Men vi ville göra det till en ordentlig utredning”, sa Holmes i en Intervju december 2022.

Denna tidslinje sammanställer många källor i ett försök att berätta om bakgrunden till den enormt inflytelserika artikeln. Tidslinjen kommer sannolikt att växa i takt med att mer information dyker upp. Alla tider har uppskattats till Eastern Time.

Farrar sa att "proximalt ursprung" motiverades av frånvaron av en utredning från WHO. Dock, e-postmeddelanden visas att Farrar samtidigt skötte artikeln och vädjade till WHO.

I verkligheten uttryckte Farrar en önskan till ledarna vid WHO att "gå före vetenskapen och berättelsen om detta." Fauci höll med.

Fyra dagar efter att ha flaggat aspekter av genomet som verkade konstruerade, skrev Andersen medförfattare till ett tidigt utkast som angav att ett sådant scenario skulle vara "i stort sett oförenligt med data." Efter dagars diskussion om möjligheten att furinklyvningsstället härrör från seriepassage i labbet – en metod för att göra ett virus farligare i labbet utan ingenjörskonst – möjligheten avfärdades i slutrapporten.

Farrar beskrev frenesi och panik som föregick publiceringen av "proximalt ursprung."

"Bara ett fåtal av oss – Eddie, Kristian, Tony och jag – var nu insatta i känslig information som, om den visar sig vara sann, kan starta en hel serie händelser som skulle vara mycket större än någon av oss. Det kändes som om en storm samlade sig, säger han.

Målet, Farrar berättade för sina kollegor vid den tiden, var att "lägga fram ett respekterat uttalande för att rama in vilken debatt som helst - innan den debatten går över styr med potentiellt enormt skadliga konsekvenser."

Forskarnas förtrogenhet med Wuhan Institute of Virologys arbete med nya coronavirus ifrågasätter en central premiss för tidningen - att SARS-CoV-2 inte kunde ha konstruerats eftersom det verkade vara nytt.

Sammanfattning

Januari 27, 2020: Fauci fick reda på att han finansierar Wuhan Institute of Virology.

Januari 29, 2020: Andersen upptäckte en artikel som beskrev vinst-of-function-tekniker med coronavirus som involverade Wuhan Institute of Virology. Farrar ber att få prata med Fauci.

Januari 31, 2020: Fauci och Andersen talade enskilt. Fyra virologer, inklusive tre författare till artikeln - Andersen, Holmes och Garry - fann att viruset var "inkonsekvent med förväntningarna från evolutionsteorin."

Februari 1, 2020: Farrar organiserade en hemlig telefonkonferens mellan virologerna och NIH. Separat försökte Fauci lära sig mer om vilka projekt som NIAID finansierade på labbet.

Februari 2, 2020: Virologerna utbytte tankar. Flera lutade sig mot ett labbursprung. Garry sa att han inte kan förstå hur SARS-CoV-2 kunde ha uppstått naturligt efter att ha jämfört det med RaTG13. Forskarna uttrycker oro över arbetet med coronavirus som utförs i Wuhan under BSL-2-förhållanden. "Vilda västern", sa Farrar. Farrar betonade vikten av att publicera något snabbt för att motverka "lurida" påståenden som dyker upp om ett labbursprung.

Februari 4, 2020: Ett utkast har cirkulerats. Holmes, "60-40 lab," sa utkastet "inte nämner andra anomalier eftersom det kommer att få oss att se ut som lommar." Andersen hånade idén om ett konstruerat virus som "crackpot" och främjade frasen "förenlig med naturlig evolution" för forskare utanför konfab.

Mars 6, 2020: Andersen tackade Farrar, Collins och Fauci för deras "råd och ledarskap."

17 april 2020: Fauci sa till reportrar att COVID-19 är "helt förenligt med ett hopp av en art från ett djur till en människa", med hänvisning till tidningen.

Augusti 19, 2020: Collins och Fauci diskuterade uppsägningen av ett EcoHealth Alliance-bidrag och teorin om labbläckage. Åtta dagar senare utökas ett nytt anslag från NIAID till EcoHealth och Andersens labb.

Juni 20, 2021: Collins, Fauci, Andersen och Garry uppmuntrade en forskare att tänka om ett förtryck om tidiga SARS-CoV-2-sekvenser som NIH felaktigt spikade från sin databas. Andersen föreslog att den skulle raderas från en förtrycksserver.

Juli 31, 2022: Nya poster i en NIH-databas visade på ett förhållande mellan Holmes och Wuhan Institute of Virology, inklusive arbete med RaTG13.

tidslinje

"mitten av januari": CDC-chefen slår larm

Robert Redfield, chef för Centers for Disease Control and Prevention och en virolog, uttryckte oro över att en labbolycka inträffade vid Wuhan Institute of Virology. Han delade denna oro med Fauci, Farrar och Världshälsoorganisationens generaldirektör Tedros Ghebreyesus, Vanity Fair rapporterade.

Farrar märkte e-postprat bland trovärdiga forskare "som tyder på att viruset såg nästan konstruerat ut för att infektera mänskliga celler" den sista veckan i januari, enligt hans memoarer Spike.

14 januari 2020: Fauci träffar det nationella säkerhetsrådet

Fauci träffade National Security Council för första gången om det nya coronaviruset, enligt ett schema erhållet under FOIA av Öppna Books and Judicial Watch.

Fauci träffade NSC 16 gånger i januari och februari, ibland i en anläggning för känslig information (”SCIF”) på NIH och ibland i Eisenhowers verkställande kontorsbyggnad.

Schemat visar att Fauci möter NSC:s chef för att motverka biologiska hot Phil Ferro, Senior Director för motspridning och bioförsvar Anthony Ruggiero och NSC:s tjänsteman Lauren Fabina. Dessa möten kan ha involverat många tjänstemän över en konstellation av byråer, enligt a separat dokument erhållits av US Right to Know.

23 januari 2020: Fauci träffar biosäkerhetsrådgivare till Wuhan Institute of Virology

Fauci träffade James Le Duc, då chefen för ett BSL-4-labb i Texas med ett samarbetsavtal med Wuhan Institute of Virology och en global expert på biosäkerhet.

Le Duc hade skrivit en op-ed publicerade några dagar tidigare stod det att "relationerna inom folkhälso- och forskningsarenorna förblir öppna och positiva" med Kina.

Faktum är att Le Duc skulle misslyckas i sitt försök att få mer information om biosäkerhetsstandarder från sin motsvarighet i Wuhan. Han nådde ut till Yuan Zhiming, chef för Wuhan-institutets laboratorium för maximal bioinneslutning, men hans labs samarbetsavtal med labbet var bräckligt. Han fick aldrig svar på sina frågor, och det samarbetsavtal tillåtet för att eventuell delad data ska raderas.

Le Duc försäkrade först kongressen och media att en labbolycka var osannolik, men senare tyst skisserad hur en utredning kan gå till för kollegor.

27 januari 2020: Fauci får reda på att han finansierade Wuhan Institute of Virology

6: 59 am

Farrar skaffade en andra telefon för att diskutera ursprunget till SARS-CoV-2.

”Vi borde använda olika telefoner; undvik att lägga saker i e-postmeddelanden; och lämna våra vanliga e-postadresser och telefonkontakter”, skrev Farrar i sin memoarbok. "Jag kände inte till termen då men jag hade nu en brännartelefon som jag bara skulle använda för detta ändamål och sedan bli av med."

6: 24 pm

Senast den 27 januari vet Fauci att hans institut finansierat arbete med coronavirus vid Wuhan Institute of Virology genom EcoHealth Alliance, enligt ett mail erhållits av kammarens tillsyns- och reformkommitté.

Några viktiga takeaways från EcoHealths NIAID-finansierade forskning delas med Fauci, men vissa detaljer har redigerats. En av tidningarna som flaggats till Fauci: En naturstudie som visar att SARS-relaterade fladdermus-coronavirus kan binda till mänskliga celler och orsaka SARS-liknande sjukdom hos humaniserade möss.

Denna papper – medförfattare av University of North Carolinas koronavirolog Ralph Baric och Wuhan Institute of Virology coronavirologen Zhengli Shi – hade underblåst kontroverser om huruvida forskningen om vinst-of-function kunde generera "SARS 2.0" några år tidigare.

Tidningen verkar ha kommit in i efterföljande diskussioner under ett förkortningsnamn: "SARS vinst av funktion." Det verkade initialt för gruppen av virologer vara "en instruktionsmanual för att bygga Wuhan-koronaviruset i ett laboratorium", alarmerande Fauci.

Men Baric uteslöts från efterföljande diskussioner eftersom han sågs som för nära Wuhan Institute of Virology, enligt Holmes.

"Vi sa 'låt oss inte bjuda in Ralph'" sa Holmes.

28 januari 2020: Diskussionerna börjar

Farrar ringde Holmes, bekymrad om prat om möjligheten till en labbolycka och ett nyligen publicerat förtryck på servern BioRxiv.

Farrars memoar namnger inte förtrycket.

Men Holmes identifierade förtrycket i en 2022 intervju som "Upptäckt av ett nytt coronavirus associerat med det senaste utbrottet av lunginflammation hos människor och dess potentiella fladdermusursprung", medförfattare av Wuhan Institute of Virology Center for Emerging Infectious Diseases Director Zhengli Shi och publicerad den 23 januari. Förtrycket beskrev sekvensen av SARS-CoV-2 och jämförde viruset med liknande fladdermuskoronavirus som upptäckts av Wuhan-labbet, inklusive ett coronavirus som heter RaTG13 med 96 procent likhet med SARS-CoV-2.

"Jag fick ett e-postmeddelande från Jeremy Farrar där det stod: 'Det pratas lite i USA om huruvida det här viruset har kommit ut från ett labb, har du tid för ett samtal nu?'" sa Holmes. "Jag tror att det här har börjat för att Zhengli Shi publicerar sitt första papper som hamnar i Nature som har hennes sekvens och RaTG13."

"RaTG13 är den närmaste släktingen till SARS-CoV-2... så det leder naturligtvis till mycket prat", fortsatte Holmes.

(Patrick Vallance, chefsvetenskaplig rådgivare till Storbritannien, kan också ha varit på linjen, sa Holmes.)

Holmes var "likgiltig" för likheten mellan SARS-CoV-2 och RaTG13, enligt Farrars memoarer, och fann att variationsmönstret var normalt.

"Jag tänkte inte så mycket på det, om jag ska vara ärlig. Jag var upptagen med att resa och försöka skriva en vetenskaplig artikel.” Holmes berättade för Farrar.

Holmes är en medförfattare on delsekvenser av RaTG13 tillsammans med Shi. Dessa delsekvenser skickades till NIH:s databas 2018, men publicerades i juli 2022.

29 januari 2020: Andersen flaggar för forskning om funktionsvinster

Andersen blev orolig över att ett fladdermus-coronavirus kan ha konstruerats för att infektera människor, vilket pekar på receptorbindningsdomänen och furinklyvningsstället, enligt Farrars memoarer.

Han flaggade också för en studie av funktionsvinster som "såg ut som en manual för att bygga Wuhan-koronaviruset i ett laboratorium", står det i memoarerna.

"Andersen hittade ett vetenskapligt dokument där exakt denna teknik hade använts för att modifiera spikproteinet från det ursprungliga SARS-CoV-1-viruset, det som hade orsakat SARS-utbrottet 2002/3", skrev Farrar. "Paret kände till ett laboratorium där forskare hade experimenterat med coronavirus i flera år: Wuhan Institute of Virology, i staden i hjärtat av utbrottet."

Titeln på denna tidning är okänd.

Men det är klart att Barics 2015-uppsats som involverar arbete med gain-of-function med Wuhan Institute of Virology verkar ha skrämt Fauci några dagar senare. Baric hade utvecklats en expertis i hur proteolytiska klyvningsställen som furinklyvningsstället hjälper till att ta sig in av koronavirus i däggdjursceller.

Tidningen 2015 hade fått en förkortad titel i e-postmeddelandena: "SARS Gain of function."

Andersen sms:ade till Holmes.

"Kristian sa," Eddie, kan vi prata? Jag måste dras från kanten här,'" Holmes berättade senare.

Andersen och Holmes träffades praktiskt taget på Zoom.

Andersen riktade Holmes uppmärksamhet på en berörande del av genomet.

"Han sa att det finns den här furinklyvningsplatsen mellan S1- och S2-korsningarna," berättade Holmes. "Det finns två restriktionsplatser, BamHI, runt det. Och det avsnittet, mellan restriktionsplatserna, ser ut som att det har minskat variation."

"För helvete det här är dåligt", svarade Holmes.

Furinklyvningsstället på SARS-CoV-2 spikproteinet hjälper viruset att ta sig in i mänskliga celler. Forskning har indikerat att utan denna funktion skulle SARS-CoV-2 inte ha utgjort ett pandemihot. Inga andra kända SARS-liknande betacoronavirus har furinklyvningsställen.

(Även om det inte var känt då, var Wuhan Institute of Virology intresserade av att arbeta med Baric på proteolytiska klyvningsställen i SARS-liknande coronavirus, en läckt bidragsförslag visar.)

Annan oroande information som Andersen delade med Holmes vid det första Zoom-samtal, enligt Holmes återberättelse: Två restriktionsställen kallade "BamH" som ungefär flankerade furinklyvningsstället längs virusets genom. Dessa restriktionsplatser används ofta för genteknik, men förekommer också i naturen.

Både Andersen och Farrar var oroliga över att det närmast kända viruset till covid-19, RaTG13, nyligen hade identifierats inom Wuhan Institute of Virology.

Slutligen dök viruset upp med få spår i den mänskliga befolkningen och verkade sprida sig snabbt och effektivt.

"Det här viruset har tagit fart som gangbusters från ingenstans," sa Holmes.

Holmes larmade omedelbart Farrar om Andersens oro.

"Ring mig nu," Holmes berättade för Farrar.

Holmes sa att frågan snabbt eskalerade efter att han delade Andersens oro med Farrar.

"Det går från noll till 100," sa han.

1: 32 pm

Farrar började be Fauci att prata med honom privat.

Inom några timmar talade Andersen med underrättelsetjänstemän i USA, Farrar pratade med underrättelsetjänstemän i Storbritannien och Holmes talade med underrättelsetjänstemän i Australien, enligt Holmes.

"På ett invecklat sätt ... inom en timme pratar jag med chefen för Office of National Intelligence i Australien," sa Holmes. "John le Carré-grejer, eller hur?"

31 januari 2020: "Inkonsistent med förväntningar från evolutionsteorin"

5: 23 pm

Farrar bad att få prata med Fauci.

Farrar berättade sedan för Fauci att "de inblandade" inkluderade tre toppvirologer: Andersen, Garry och Holmes.

Fauci och Andersen talade också enskilt.

8: 43 pm

Science Magazine publicerade artikeln "Gröja coronavirus-genom för ledtrådar till utbrottets ursprung" av personalskribenten Jon Cohen. Artikeln citerade Holmes, Andersen och Rutgers styrelseprofessor Richard Ebright, som berättade för Cohen att han var orolig över ett nytt laboratorium för maximal bioinneslutning som heter Wuhan Institute of Virology.

Fauci vidarebefordrade artikeln till Farrar och Andersen.

"Det är av intresse för den pågående diskussionen" han skrev.

10: 32 pm

Andersen skrev tillbaka till Fauci.

Även om SARS-CoV-2 passar in i släktträdet för fladdermuskoronavirus, illustrerar det inte om det har konstruerats. Visserligen ser viruset onaturligt ut för Andersen och tre andra virologer, skrev han.

"Du måste titta mycket noga på genomet för att se egenskaper som är potentiellt konstruerade... Jag bör nämna att efter diskussioner tidigare idag, finner Eddie, Bob, Mike och jag alla att genomet inte stämmer överens med förväntningarna från evolutionsteorin," han skrev. "Vi har ett bra lag uppställt för att titta på det här, så vi borde veta mer i slutet av helgen."

"Mike" hänvisade till Michael Farzan, ordförande för Scripps forskningsavdelning för immunologi och mikrobiologi, som har gjort viktiga upptäckter relaterade till hur SARS-CoV infekterar mänskliga celler.

Andra medlemmar i "teamet" som gick in i tidiga konversationer var Garry och Rambaut. Christian Drosten, chef för Institute of Virology vid Charité Hospital, deltog också i tidiga diskussioner.

Christian Drosten – biträdande samordnare för nya infektioner vid Charité-sjukhuset och en framstående pandemisvarsfigur kallad “Tysklands Fauci” – var också på samtalet, enligt mejlen.

Drosten hade dock en koppling till virusjägarna med EcoHealth Alliance. Drosten hade en gång utsetts till en av partnerna till PREDICT. PREDICT var ett decennierlångt projekt som avslöjade djurvirus och studerade dem i labbet som avslutades 2020.

Drosten listades som medlem i "PREDICT Consortium" i en 2014 papper.

PREDICT var ett decennierlångt US Agency for International Developments "virusjakt"-projekt ledd av EcoHealth Alliance som avslutades 2020.

Drosten hade också jagat efter fladdermusvirus i Tyskland, Bulgarien, Ghana och Sydafrika, enligt nyhetsrapporter och vetenskapliga artiklar.

Drosten återkom inte med önskemål om kommentarer.

"Teamet" sökte också råd från en förespråkare av gain-of-function forskning, Erasmus MC virolog Ron Fouchier och Erasmus MC Department of Viroscience Director Marion Koopmans.

Fauci talade med Farrar, sedan med Andersen.

1 februari 2020: Telekonferensen

12: 29 am

"VIKTIGT," skrev Fauci i ämnesraden i ett mejl till en medhjälpare lite efter midnatt - ungefär två timmar efter att Andersen berättade för honom att genomet kanske inte har utvecklats naturligt.

"Hugh: Det är viktigt att vi talar denna AM. Behåll din mobiltelefon på, skrev han.

Han instruerade Hugh Auchincloss, NIAID:s främsta biträdande direktör, att läsa det bifogade dokumentet och lade till en brådskande instruktion: "Du kommer att ha uppgifter idag som måste göras."

Det bifogade papperet var sannolikt en 2015 Naturpapper med titeln "Ett SARS-liknande kluster av cirkulerande fladdermus-coronavirus visar potential för mänsklig uppkomst", en studie som NIH hade finansierat genom ett anslag till EcoHealth Alliance - som Fauci hade blivit varnad för i "talkpunkter" den 27 januari.

Filnamnet inkluderade frasen "SARS Gain of function."

Tidningen visar att ett team som leds av Baric och Shi hade skarvat spikproteinet från ett coronavirus till en SARS-CoV-ryggrad. Författarna skrev att framtida experiment på dessa virus "kan vara för riskabla att fortsätta."

Uppsatsen är också en av flera artiklar som Baric och Shi har skrivit tillsammans i Andersen och Holmes presentation för en grupp församlade virologer den 1 februari, när de uttryckte oro över möjlig ingenjörskonst.

12: 38 am

Fauci ringde Andersen och sa åt honom att kura ihop sig med Holmes och andra evolutionära biologer för att undersöka Andersens oro för ingenjörskonst.

"Han borde göra detta mycket snabbt och om alla håller med om denna oro, bör de rapportera det till lämpliga myndigheter", skrev han. "Jag skulle föreställa mig att i USA skulle detta vara FBI och i Storbritannien skulle det vara MI5."

"Det skulle vara viktigt att snabbt få bekräftelse på orsaken till denna oro av experter inom området för coronavirus och evolutionsbiologi", skrev han.

10: 55 am

Farrar bjöd in Fauci till en telefonkonferens senare samma dag.

"Min preferens är att behålla denna [en] riktigt snäva grupp," skrev Farrar. "Be självklart alla att ha totalt förtroende."

En analys som inramade telekonferensen den 1 februari 2020 hade titeln "Coronavirus sekvensjämförelse[1].pdf." 

Det dokumentet visar att virologerna jämförde SARS-CoV-2 med RaTG13, ett virus som tagits av Wuhan Institute of Virology som Holmes tidigare hade studerat.

Att dokumentera anger att följande oro var högst upp i sinnet: likheten mellan RaTG13 och SARS-CoV-2; en hög nivå av mutationer kring nyckelrester i den receptorbindande domänen; furinklyvningsstället och dess frånvaro i SARS, MERS och andra fladdermuskoronavirus; en restriktionsplats som vanligen används inom genteknik, kallad BamHI, placerad strategiskt i slutet av coronavirusets topp; och observationen att "en "funktionsvinst" i spike. återgår till SARS-sekvens i RBD." (Bilden hänvisar till detta papper.)

Holmes och Andersen refererar till fem artiklar, alla medförfattare av Baric:

• Ett SARS-liknande kluster av cirkulerande fladdermuskoronavirus visar potential för mänsklig uppkomst
• Ett musanpassat SARS-coronavirus orsakar sjukdom och dödlighet hos BALB/c-möss
• SARS-liknande WIV-1-CoV redo för mänsklig uppkomst
• Modellering av patogenes av nya och pre-emergenta coronavirus i möss
• Receptorigenkänning av nytt coronavirus från Wuhan: En analys baserad på decennielånga strukturella studier av SARS
• Molekylära bestämningsfaktorer för allvarligt akut respiratoriskt syndrom coronaviruspatogens och virulens i unga och åldrade musmodeller av mänsklig sjukdom

Deltagarna ombads att hålla samtalet konfidentiellt tills "nästa steg" beskrivs.

11: 47 am

Auchincloss rapporterade tillbaka till Fauci att arbetet granskades och godkändes av NIH men uppenbarligen inte hade genomgått "P3-ramverket", en hänvisning till bestämmelser som införts för att reglera genereringen av pandemiska potentiella patogener efter en tillfällig paus i arbetet med att öka funktionen på SARS-relaterade virus.

(Faktiskt hade forskningen gått framåt i en undantag från pausen för förstärkning av funktioneftersom NIH inte ansåg det riskabelt.)

I vilket fall som helst kommer den här NIH-assistenten att undersöka "om vi har några avlägsna band till detta arbete utomlands", säger Auchincloss.

11: 48 am

Collins skickade ett färskt förtryck av Shi till Fauci. Förtrycket som delas mellan NIH:s ledare beskrev flera coronavirus, inklusive RaTG13.

"Inga bevis för att detta arbete stöddes av NIH," Collins skrev.

"Jag såg det, men kollade inte likheterna. Självklart behöver vi mer detaljer”, skrev Fauci tillbaka.

Alla band mellan Wuhan Institute of Virologys arbete med coronavirus och NIH var uppenbarligen i fokus för Fauci och Collins bara två timmar innan de konfererade med författarna till uppsatsen "proximalt ursprung".

2 pm

Collins och Fauci anslöt sig till telefonkonferensen kl. 2 Washington-tid (7 GMT och 6 i Sydney) tillsammans med Farrar, Andersen och Holmes.

Garry och Rambaut var inbjudna av Andersen och Holmes.

Andra på samtalet inkluderade: Vallance; Fouchier; Koopmans; Drosten; Stefan Pohlmann, virolog vid German Primate Center i Göttingen; Mike Ferguson, Wellcomes vice ordförande och biokemist; Paul Schreier, också från Wellcome.

Trots hans vädjanden både till Fauci och Farrar, lämnas Redfield utanför telefonkonferensen.

Andersen presenterade bilder för gruppen, och Holmes kom med lite input. En diskussion följer.

Virologer på samtalet insisterar på att NIH-bidragsgivarna inte försökte snurra vetenskapen.

"Tony Fauci säger väldigt lite. Francis Collins säger ännu mindre”, berättade Holmes med eftertryck. "Deras beteende var helt oklanderligt."

Gain-of-function forskningsutövare var dock klart inflytelserika.

Fouchier ⁠— som startade en debatt om gain-of-function forskning när han förändrade det mycket dödliga H5N1-viruset att vara luftburen mellan illrar - var bland de första som uttryckte argumentet som skulle bli centralt i tidningen, enligt Holmes.

"Människor som Ron påpekar mycket riktigt att om du skulle göra det här ... skulle du använda en standard labbbakgrund, och det här är inte en standard labbbakgrund," sa Holmes. "De gav en hel uppsättning mycket övertygande poäng om vad du skulle göra om du skulle göra det här."

Drosten och Koopmans, Fouchiers chef, var båda överens, Farrar mindes.

"Konferenssamtalet avslutades och slutsatsen var att vi borde skriva något, ett slags sammanfattande uttalande," sa Holmes.

I ett e-postmeddelande som skickades efter samtalet hänvisade en av virologerna till en viral "ryggrad" och "insert".

Efter samtalet var Holmes 80 procent säker på att det nya coronaviruset hade ett labbursprung, medan Andersen föredrog ett labbursprung med cirka 60 till 70 procent, enligt Farrars memoarer.

"Andrew och Bob var inte långt efter. Jag skulle också behöva övertygas om att saker och ting inte var så läskiga som de verkade, skrev Farrar.

Andersen skulle senare säga han skrämdes av tanken på att sprida nyheten till världen att viruset kan vara konstruerat.

"Jag kämpade med tanken att jag, efter att ha slagit larm, skulle kunna bli den person som bevisade att det här nya viruset kom från ett labb," sa han till Farrar. "Och jag ville inte nödvändigtvis vara den personen."

9: 59 pm

Farrar tackar alla för att de gick med i samtalet och upprepar sin önskan att sammankalla trovärdiga forskare för att arbeta med WHO för att hjälpa till att forma diskussionen i ljuset av växande oro över en labbläcka på Twitter och WeChat, en kinesisk plattform för sociala medier, och "för att att ligga steget före konspirationsteorierna."

Farrar betonar inramning som inte uttryckligen nämner elefanten i rummet - om pandemin härrörde från ett labb - men läses också som "neutral."

"Jag tror inte att det här är en fråga om ett binärt resultat", skrev han.

Han föreslog att inramningen av debatten var följande fråga: "Vad är det evolutionära ursprunget till 2019-nCoV?"

7: 43 pm

Koopmans verkar dela tankar om pangolin-coronavirus och furinklyvningsplatsen.

2 februari 2020: "Det finns möjliga sätt i naturen, men mycket osannolikt"

4: 48 am

Farrar berättar virologerna som deltog i uppmaningen att vetenskaplig diskussion bör begränsas till en trovärdig grupp sammankallad av WHO.

"Jag föreslår att vi inte går in i ytterligare vetenskaplig diskussion här, utan väntar på att den gruppen ska etableras," sa Farrar.

6: 53 am

Efter samtalet samlade Farrar några tankar från gruppen och mailade Fauci och Collins.

"På ett spektrum om 0 är natur och 100 är frigörelse – jag är ärligt talat på 50! Min gissning är att detta kommer att förbli grått, om det inte finns tillgång till Wuhan-labbet – och jag misstänker att det är osannolikt!” sa Farrar.

He ber om deras hjälp genom att pressa WHO att ta upp frågan om pandemins ursprung innan berättelsen går över styr. Han oroar sig för att WHO kan vänta en månad, vilket kan vara för sent.

Farrar vidarebefordrade också fler tankar från deltagarna om samtalet till Fauci och Collins. Dessa e-postmeddelanden, först erhållna genom FOIA av BuzzFeed News, sågs oredigerade av kongresspersonalen i Camera och rapporteras av Avlyssningen.

"Från Mike Farzan (upptäckare av SARS-receptor):

1. RBD såg inte "konstruerad" ut för honom - som i, ingen människa skulle ha valt de individuella mutationerna och klonat dem in i RBD (jag tror att vi alla är överens)
2. Vävnadskulturpassage kan ofta leda till ökning av grundläggande platser – inklusive furinklyvningsställen (detta är saker som de har sett med mänskliga koronavirus)
3. Han är besvärad av furinplatsen och har svårt att förklara det som en händelse utanför labbet (men det finns möjliga sätt i naturen, men högst osannolikt)
4. Istället för riktad ingenjörskonst skulle förändringar i RBD och förvärv av furinstället vara mycket förenligt med idén om fortsatt passage av virus i vävnadskultur
5. Förvärv av furinplatsen skulle sannolikt destabilisera viruset men skulle få det att spridas till nya vävnader.

Så, givet ovan, kan en trolig förklaring vara något så enkelt som att passera SARS-levande CoVs i vävnadskultur på mänskliga cellinjer (under BSL-2) under en längre tidsperiod, vilket av misstag skapar ett virus som skulle vara förberedd för snabb överföring mellan människor via vinst av furinställe (från vävnadsodling) och anpassning till human ACE2-receptor via upprepad passage.

…Så, jag tror att det blir en fråga om hur man sätter ihop allt detta, oavsett om man tror på den här serien av tillfälligheter, vad man vet om labbet i Wuhan, hur mycket kan finnas i naturen – oavsiktlig utsläpp eller naturlig händelse? Jag är 70:30 eller 60:40."

"Du gjorde vinst av funktionsforskning, du skulle INTE använda en befintlig nära [klon] av SARS eller MERSV. Dessa virus är redan mänskliga patogener. Vad du skulle göra är att stänga ett fladdermusvirus som ännu inte hade dykt upp”, sa Garry.

"Innan jag lämnade kontoret för balen, anpassade jag nCoV med 96% bat CoV som sekvenserades vid WIV. Med undantag för RBD är S-proteinerna väsentligen identiska på aminosyranivå - väl alla utom den perfekta infogningen av 12 nukleotider som lägger till furinstället. S2 är över hela sin längd väsentligen identisk. Jag kan verkligen inte komma på ett rimligt naturligt scenario där du kommer från fladdermusviruset eller ett som är väldigt likt det till nCoV där du infogar exakt 4 aminosyror 12 nukleotider som alla måste läggas till på exakt samma gång för att få denna funktion – det och du byter inte någon annan aminosyra i S2? Jag kan bara inte förstå hur det här ska gå till i naturen. Gör justeringen av spikarna på aminosyranivå - det är fantastiskt. Naturligtvis, i labbet skulle det vara lätt att skapa den perfekta 12-basinsatsen som du ville ha. Ett annat scenario är att stamfadern till nCoV var ett fladdermusvirus med det perfekta furinklyvningsstället genererat under 3 evolutionära gånger. I detta scenario RaTG13 genererades WIV-viruset genom en perfekt deletion av 12 nukleotider medan det i huvudsak inte ändrades någon annan S2-aminosyra. Ännu mer osannolikt IMO.

Det är det stora om.

Du gjorde vinst av funktionsforskning, du skulle INTE använda en befintlig nära [klon] av SARS eller MERSv. Dessa virus är redan mänskliga patogener. Vad du skulle göra är att stänga ett fladdermusvirus som ännu inte hade dykt upp. Kanske skicka det sedan in i mänskliga celler ett tag för att låsa in RBS, sedan återklonar du och lägger in de mutationer du är intresserad av – en av de första en polybasic klyvningsställe.”

7: 13 am

Samtidigt Farrar utbytte mejl med Collins och Fauci om att sammankalla en grupp kopplad till WHO för att väga in labbets ursprung, uppenbarligen för att komma före diskussioner om ingenjörskonst, även om det fortfarande låg på bordet för några av virologerna.

8: 30 am

Fouchier mailade Farrar och uppenbarligen de andra deltagarna i samtalet och bad om ytterligare förfrågningar. Men han kallar också frågan om virusets ursprung för en distraktion för tillfället, och möjligen skadlig för vetenskapen och för Kina.

"Kära Jeremy och andra,

"Tack för en användbar telefonkonferens. Med tanke på de bevis som presenteras och diskussionerna kring det skulle jag dra slutsatsen att en uppföljande diskussion om det möjliga ursprunget till 2019-nCoV skulle vara av stort intresse. Jag tvivlar dock på om det behöver göras på mycket kort sikt, med tanke på vikten av andra aktiviteter inom forskarsamhället, WHO och andra intressenter för närvarande. Det är min åsikt att ett icke-naturligt ursprung av 2019-nCoV är högst osannolikt för närvarande. Alla konspirationsteorier kan närma sig med faktainformation.

… En anklagelse om att nCoV-2019 kan ha konstruerats och släppts ut i miljön av människor (oavsiktlig eller avsiktlig) skulle behöva stödjas av starka data, bortom rimligt tvivel. Det är bra att denna möjlighet diskuterades i detalj med ett team av experter. Men ytterligare debatt om sådana anklagelser skulle i onödan distrahera toppforskare från deras aktiva uppgifter och göra onödig skada för vetenskapen i allmänhet och vetenskapen i Kina i synnerhet."

8: 30 am

Fouchier delade detaljerade anteckningar.

Hans idéer inkluderar sådana som blev centrala i artikeln "proximalt ursprung".

"Med tanke på närvaron av furinliknande ställen i humant coronavirus och mutationen av proteasklyvningsställen vid värdhopp av coronavirus i allmänhet, är ett naturligt ursprung för furinstället verkligen inte omöjligt", skrev Fouchier.

Fouchier skrev också att ett biovapen skulle involvera en välbekant "ryggrad" som är känd för att orsaka mänsklig infektion som SARS eller MERS. Välvilliga forskare skulle under tiden använda välbekanta gentekniker. (Nya gentekniker som pågår vid Wuhan Institute of Virology skulle senare bli det avslöjats av en onlinespejare.)

Fouchier noterar också att SARS-CoV-2 inte har beskrivits i den vetenskapliga litteraturen. Det närmast kända viruset vid denna tidpunkt var RaTG13, som virologerna trodde var för avlägset besläktat för att vara en stamfader.

Trots hans betydande bidrag krediterades inte Fouchier av verkets författare, som senare skulle anklagas för plagiat.

Både Fouchier och Koopmans avböjde att bli krediterade som medförfattare eller bidragsgivare eftersom de motsatte sig vetenskapliga artiklar som överhuvudtaget övervägde teorin om labbläckage, Holmes sa i en intervju i december 2022.

8: 40 am

Farrrar svarar ögonblick senare för att betona vikten av att publicera något trovärdigt för att tona ner "läskiga" teorier om labbursprung direkt och säkerställa ytterligare samarbete med Kina.

"Om, och jag betonar om, detta sprider sig ytterligare, trycket och spänningarna ökar, är jag rädd att dessa frågor kommer att bli starkare och mer polariserade och folk kommer att börja se vem de ska skylla på. … Det kan bara öka spänningen och minska samarbetet.”

9: 38 am

Under ämnesraden "Re: Telekonferens" skickar Rambaut e-post till Farrar, Fauci och det andra samtalets deltagare.

"Från en (naturlig) evolutionär synvinkel är det enda här som slår mig som ovanligt furinklyvningsplatsen", skrev Rambaut. "Det tyder starkt för mig att vi missar något viktigt."

Samtidigt uttryckte Rambaut en önskan om att dämpa spekulationer i sociala medier om ursprunget.

"Kanske måste detta diskuteras omedelbart, inte bara på grund av de kusliga påståendena på Twitter utan för att om det är i en icke-mänsklig värd, föranpassad, kan det hota kontrollinsatser genom nya zoonotiska hopp", tillade han.

(Förespråkare av teorin om naturligt ursprung tror nu att viruset spillde över från dess djurreservoar två gånger från Huanan Seafood Wholesale Market.)

10: 27 am

Collins skickade ett e-postmeddelande till Farrar, Fauci och NIH-tjänstemannen Lawrence Tabak och tog upp oro över den "potentiella skadan på vetenskapen och internationell harmoni" som ett labbursprung till covid-19 kan utgöra.

"Även om argumenten från Ron Fouchier och Christian Drosten presenteras med mer kraft än nödvändigt, kommer jag till uppfattningen att ett naturligt ursprung är mer troligt. Men jag delar din uppfattning om att det behövs ett snabbt sammankallande av experter i ett förtroendeingivande ramverk (WHO verkar egentligen det enda alternativet) annars kommer konspirationens röster snabbt att dominera och göra stor potentiell skada för vetenskapen och den internationella harmonin.

Jag är tillgänglig när som helst idag förutom 3:15 – 5:45 EST (på ett plan) för ett samtal till Tedros. Låt mig veta om jag kan hjälpa till att ta mig igenom hans snår av beskyddare.”

11: 28 am

Farrar uppdaterade Collins och Fauci om hans ansträngningar att pressa WHO och länkade till en artikel om en konspirationsteori om SARS-CoV-2 som liknar HIV.

"Tedros och Bernard har tydligen gått i konklav... de måste bestämma sig idag enligt min uppfattning. Om de inte stämmer, skulle jag uppskatta ett samtal med dig senare ikväll eller imorgon för att fundera över hur vi kan gå vidare.

Under tiden…..

https://www.zerohedge.com/geopolitical/coronavirus-contains-hiv-insertions-stoking-fears-over-artificially-created-bioweapon”

12:03 pm

Collins erkänner att seriepassage är en möjlighet och värd att inkludera i den offentliga listan över möjligheter (det skulle inte övervägas på allvar i det slutliga utkastet). Collins tillägger att förslaget att skjuta upp en diskussion om pandemins ursprung i ens en månad "låter som en riktigt dålig idé."

1:57 (ungefärligt)

Twitter stängde av ZeroHedge – bloggen som Farrar hade flaggat för Fauci och Collins – tydligen på grund av en separat inlägg som delade kontaktinformationen för en kinesisk vetenskapsman. Förbudet verkade sammanfalla med en ansträngning av WHO för att samarbeta med sociala medieföretag för att förhindra "desinformation".

Twitter sa då att företaget permanent hade förbjudit den populära högerbloggen från sin plattform på grund av oro för "doxxing", med andra ord, exponeringen av en kinesisk vetenskapsmans identitet.

Global Engagement Center, en del av utrikesdepartementet som bekämpar "desinformation" på nätet, flaggade Twitter-konton som twittrade om bloggens förbud. Utrikesdepartementets oro över dessa tjänster framkom i en januari 2023 rapport baserad på Twitters interna register.

3: 30 pm

Gap instämmer att det är "viktigt att röra sig snabbt."

4: 49 pm

Fauci bad Collins om ett privat telefonsamtal.

5: 45 pm

Farrar försök att fånga in WHO:s ansträngningar från Wellcome Trust, NIH och en handfull virologer för att komma före teorin om labbläckage.

Dessutom, någon gång den 2 februari, fick Holmes ett e-postmeddelande från University of Hong Kong Tommy Lam om en receptorbindande domän som hittats i pangolin-koronavirus som liknade den i SARS-CoV-2, vilket stärkte teorin om naturligt ursprung, Holmes delade i en intervju 2022.

(Pangoliner handlades inte på Huanan Seafood Wholesale Market. Detta var känt för Holmes och Andersen senast den 7 februari. Pressen spekulerade felaktigt att försäljningen av pangoliner kan ha skett utanför böckerna.)

3 februari 2020: "Kina och USA"

Fauci träffade Nekisha Williams, verksamhetskoordinator för global forskning finansierad av hans institut, NIAID. Ämnet för diskussionen var "Kina och USA"

4 februari 2020: "Nämnde inte andra anomalier eftersom detta kommer att få oss att se ut som lommar"

2: 01 am

Farrar delade ett tidigt utkast of "proximalt ursprung" med Fauci och Collins, med löfte om en mer polerad version snart. Farrar sa att han "pressade WHO idag igen."

Holmes hade mailat Farrar sammanfattningen och noterat att den "inte nämnde andra anomalier eftersom detta kommer att få oss att se ut som lommar."

4 februari utkast

Smakämnen tidiga utkast till stater att furinklyvningsställen kan uppstå i betacoronavirus i labbet genom seriepassage. Citatet: En utlysning i samarbete med National Academies of Sciences, Engineering, and Medicine.

När "proximalt ursprung" fortskred, Andersen deltog också på ett NASEM-team som svarade på en förfrågan från Vita husets kontor för vetenskap och teknik om nästa steg för att fastställa ursprunget till det nya coronaviruset.

Det är inte exakt klart vem som påstod att betacoronavirus kunde få ett furinklyvningsställe i seriepassage, men Andersen var en av bara åtta experter som utnyttjades av NASEM. Två av de andra experterna var EcoHealth Alliance President Peter Daszak och University of North Carolinas virolog Ralph Baric.

Således beskrev det tidiga utkastet seriepassage i labbet som ett av sätten att furinklyvningsstället kan ha uppstått.

"Grundforskning som involverar passage av fladdermus-SARS-liknande koronavirus i vävnadskulturer och/eller djurmodeller har pågått i BSL-2 i många år över hela världen, inklusive i Wuhan," står det i utkastet.

Utkastet citerar fyra Wuhan Institute of Virology-dokument: Isolering och karakterisering av ett fladdermus SARS-liknande coronavirus som använder ACE2-receptorn; Upptäckten av en rik genpool av fladdermus SARS-relaterade coronavirus ger nya insikter om ursprunget till SARS coronavirus; Bat-allvarligt akut respiratoriskt syndrom-liknande coronavirus WIV1 kodar för ett extra tillbehörsprotein, ORFX, involverat i modulering av värdens immunsvar; Isolering och karakterisering av ett nytt fladdermuskoronavirus nära besläktat med den direkta stamfadern till coronaviruset med allvarligt akut respiratoriskt syndrom.

Referenser till seriepassage, Wuhans BSL-2-labb, Wuhan Institute of Virology-papper och NASEM-samtal med Baric och Daszak togs alla bort i den slutliga versionen.

I slutet av det tidiga utkastet ingår några herrelösa anteckningar. Författarna verkar notera att de nu på allvar överväger två hypoteser för hur furinklyvningsstället uppstod.

Den första är att den kryptiskt cirkulerade hos människor innan den utvecklade furinklyvningsplatsen. Den andra är att den fick ett furinklyvningsställe i en mellanvärd.

Den första hypotesen är problematisk eftersom klustringen av tidiga fall runt marknaden antyder att det fanns väldigt lite kryptisk cirkulation hos människor.

"Kopplingen till marknaden skulle vara falsk – visst tvivel om det redan", stod det i anteckningarna.

Den andra hypotesen kräver en rimlig mellanvärd, konstaterar författarna.

"Kan vi föreslå en värd där denna klyvningsplats sannolikt skulle vara fördelaktig. Illrar/polecats? Gnagare – bamburåttor (jag vet inte om de är populära i Kina)?” anteckningarna lästa.

6: 08 am

Farrar rapporterade till Fauci och Collins att Holmes är "60-40 lab", medan Farrar är "50-50." Medan virologerna har släppt möjligheten till ingenjörskonst, kvarstår seriepassage, ett annat sätt att göra virus farligare i labbet, på bordet, rapporterar han.

6: 12 am

Collins uttrycker intresse för teorin att SARS-CoV-2 fick egenskaper som furinklyvningsstället genom seriepassage.

6: 23 am

Fauci berömde tidigt utkast av "proximalt ursprung".

”Mycket genomtänkt sammanfattning och analys. Vi behöver verkligen få WHO att gå vidare med att få igång sammankomsten”, skrev han.

10: 58 am

Collins noterar att ett tidigt utkast argumenterar mot avsiktlig ingenjörskonst, men att seriepassage förblir på bordet, även om det inte skulle förklara andra orosmoment.

12: 05 pm

Andersen uppmuntrade NASEM att skingra teorin om labbläckage.

"När jag läser igenom brevet tycker jag att det är bra, men jag undrar om vi behöver vara mer bestämda i frågan om ingenjörskonst", skrev han.

Andersen förhandsgranskade argumentet som skulle bli en central premiss för "proximalt ursprung."

"De huvudsakliga crackpot-teorierna som går runt för tillfället handlar om att det här viruset har konstruerats med avsikt och det är bevisligen inte fallet. Ingenjörskonst kan betyda många saker och kan göras av antingen grundforskning eller smutsiga skäl, men data visar definitivt att ingetdera gjordes (om någon i det smutsiga scenariot skulle ha använt en SARS/MERS-ryggrad och optimal ACE2-bindning som tidigare beskrivits, och för grundforskningsscenariot skulle ha använt ett av de många redan tillgängliga omvända genetiska systemen), skrev han.

När det gäller att kommunicera dessa idéer till allmänheten, bara några dagar efter att ha skickat ett e-postmeddelande till Fauci att han hade funnit att genomet var "inkonsekvent med förväntningarna från evolutionsteorin", uppmuntrade Andersen forskarna att kommunicera att viruset hade uppstått naturligt med en liknande fras, bara inverterad: "överensstämmer med naturlig evolution."

"Om ett av huvudsyften med det här dokumentet är att motverka dessa utkantsteorier, tror jag att det är mycket viktigt att vi gör det starkt och på ett enkelt språk ("förenlig med [naturlig evolution] är min favorit när jag pratar med forskare, men inte när man pratar med allmänheten – särskilt konspirationsteoretiker), skrev han.

1: 18 pm

Uppmärksammad på tanken att SARS-CoV-2 kan ha förvärvat sitt furinklyvningsställe genom seriepassage i labbet, frågar Fauci uppenbarligen om viruset kunde ha förvärvat sitt furinklyvningsställe genom seriepassage i möss konstruerade med mänskliga luftvägsceller.

Baric, coronavirologen som fick NIAID-finansiering för arbetet med Wuhan-labbet, delade transgena möss med labbet.

"Exakt!" Farrar verkar svara.

Collins uttrycker sin misstro att sådant arbete skulle bedrivas i en BSL-2, en relativt låg biosäkerhetsnivå.

"Vilda västern", svarar Farrar.

5 februari 2020: "Jag pratade med WHO igen i morse"

6: 21 am

Farrar berättar Fauci att deras grupper ska ”pressa” WHO. Han bad Fauci att rekommendera namnen på personer som skulle kunna delta i en ursprungsutredning, men inget av namnen Fauci rekommenderar hamnar i slutändan på någon sond.

"Francis och Tony,

Några saker:

• Jag pratade igen med WHO i morse. Jag tror att de har lyssnat och agerat. Låt mig veta om du håller med
  • Vid WHO-mötet nästa vecka kommer de att inrätta gruppen som ska "se på ursprunget och utvecklingen av 2019n-CoV"
  • De har bett om namn för att sitta i den gruppen – skicka gärna några namn
  • Vi kan ha ett samtal den här veckan med en kärngrupp för att rama in gruppens arbete inklusive – om du kunde vara med?
  • Jag tror att detta placerar det under WHO:s paraply, med åtgärder denna vecka och nästa
  • Med namn som ska läggas fram i gruppen från oss och press på denna grupp från ditt och våra team nästa vecka

Teamet kommer att uppdatera utkastet idag och jag kommer att vidarebefordra det omedelbart – de kommer att lägga till ytterligare kommentarer om glykanerna”

6: 57 am

Farrar diskuterar möjligheten att ett furinklyvningsställe uppstår i seriepassage i labbet. Hans mejl antyder att Fouchier kan dela data om furinklyvningsställen som uppstår i labbet med de samlade virologerna.

"Jag tror att om du sätter selektionstryck på en CoV utan ett furinklyvningsställe i cellkultur kan du mycket väl generera ett furinklyvningsställe efter ett antal passager (men låt oss se data från Ron!)", skrev Farrar.

Februari 6, 2020: Pangolin coronavirus skapar kontroverser

10 pm

Precis som västerländska vetenskapsmän förberedde ett offentligt uttalande mot ett labbursprung, gjorde kinesiska vetenskapsmän ett eget tillkännagivande som pekade mot en naturlig källa.

Forskare i Guangzhou, Kina, stod värd för en presskonferens där de tillkännagav upptäckten av pangolin-coronavirus med en receptorbindande domän - ett nyckelsegment av spikeproteinet som binder till mänskliga celler - med en 98.6 procents identitet till SARS-CoV-2, med hänvisning till deras eget pressmeddelande.

Mellan den 7 och 18 februari lämnade kinesiska forskare in fyra separata studier till olika vetenskapliga tidskrifter om ett pangolin-coronavirus.

Vissa forskare uttryckte omedelbart oro om brist på hela uppsättningen av rådata.

Men Andersen och Holmes grep tillkännagivandet. Virologerna uttryckte optimism för en reporter vid tidskriften Nature att SARS-CoV-2 kan ha utvecklats de förändringar som behövdes för att infektera människor genom en pangolinförmedlare.

"Jag kan definitivt tro att det kan vara sant," sa Andersen.

"Även om vi behöver se mer detaljer, är det vettigt eftersom det nu dyker upp andra data om att pangoliner bär virus som är nära relaterade till 2019-nCoV," sa Holmes.

Virologernas förtroende kom trots att pangoliner inte var listade på den offentliga inventeringen av Huanan Wholesale Seafood Market, enligt Nature-rapporten.

Virologernas citat distribuerades till det bredare infektionssjukdomssamhället via en varning till ProMED rapporteringssystem.

Och medan Farrar och Collins uttryckte hopp om att pangolindata skulle förklara den mystiska furinklyvningsplatsen, hade pangolin-coronaviruset ingen sådan.

Ja, Daszaks forskning visade att pangolinen var en osannolik mellanhand. Daszak undersökte Guangzhous våta marknader från 2015 till 2016 för vilda djur och fann noll pangoliner, en anslagsrapport visar.

"Jag nämnde att pangolinlänken sannolikt är falsk, dvs. att det är osannolikt att de var en förstärkare av infektion på Wuhan-marknaden eftersom de är så sällsynta i handeln med vilda djur som levande djur (främst torkade fjäll som säljs för medicin)", skrev Daszak i ett e-postmeddelande den 28 februari 2020 från US Right to Know. 

Han föreslog att pangoliner, som är kritiskt hotade, inte verkligen var en reservoar för SARS-CoV-2. Han föreslog att ett litet antal pangoliner kan ha blivit infekterade av misstag. 

Den mycket liknande receptorbindningen beskriven som förekommer i pangolin-coronaviruset härrörde från en enda datauppsättning som först beskrevs i en tidning från oktober 2019, utomstående förfrågningarsenare avslöjat. Uppgifterna, som döptes om utan att tillskrivas den tidigare tidningen, kom från en handfull pangoliner som beslagtogs av Guangdongs tullmyndigheter i mars 2019.

Medan en del av uppgifterna först skickades till en offentlig databas i september 2019, publicerades de på nytt i januari 2020.

Två tidskrifter som hade publicerat artiklar om pangolinsekvenserna publicerade korrigeringar som klargjorde de delade uppgifterna.

Det dröjde till juni 2021 för en korrigering att läggas till i ett av pangolinpapperna där det uttryckligen stod att pangoliner inte var mellanvärden, eftersom virusen var alltför avlägset besläktade.

"Likheterna var inte tillräckligt starka för att stödja att pangoliner är mellanvärdar för SARS-CoV-2," står det att läsa.

7 februari 2020: "Det finns alltid den oro"

1: 21 am

Farrar uppdaterar Collins och Fauci om sökandet efter pangolin-coronavirus med en furinklyvningsplats.

3: 05 pm

Farrar mailade Victor Dzau, chef för National Academy of Medicine, för att erbjuda hjälp med att undersöka ursprunget till covid-19.

E-postmeddelandet följde publiceringen den 6 februari av en NAESM brev som svar på Vita husets kontor för vetenskap och teknik om virusets ursprung. Trots Andersens påtryckningar uteslöt brevet inte uttryckligen ett labbursprung.

"Tony (Francis) Patrick, jag och en nära sammansvetsad grupp har tittat på detta de senaste 10 dagarna och kan ha lite information att dela med sig av som kan hjälpa", skrev Farrar och kopierade Fauci och Collins.

Farrar kopplad till en ABC News artikel rapporterade att Vita husets kontor för vetenskap och teknikpolitik hade uppmanat akademierna att lägga fram nästa steg för att undersöka ursprunget till covid-19.

Fauci citeras i ABC-artikeln och anspelar på formuleringen av "proximalt ursprung."

"Det finns alltid den oro," sa Fauci i frågan om ingenjörskonst. "Och en av de saker som folk gör just nu är att mycket noggrant titta på sekvenser för att se om det ens finns någon möjlighet som är mycket mindre sannolikhet att det händer. Och det kan du i slutändan avgöra. Så folk tittar på det, men just nu ligger fokus på vad vi ska göra åt det vi har."

8 februari 2020: 'Summary.Feb7.pdf'

4: 08 am

Farrar delade en sammanfattning av diskussioner mellan forskarna med Dzau samt chefen för National Academy of Sciences och chefen för Vita husets kontor för vetenskap och teknologipolitik.

Dokumentet - "Summary.Feb7.pdf" - är redigerat i sin helhet.

"Eddie Holmes och en liten grupp har undersökt ursprunget och utvecklingen av n-CoV inklusive alla teorier," skrev Farrar i ett mejl till Dzau, med hänvisning till en tidig förkortning för det nya coronaviruset.

"Detta är den senaste sammanfattningen, skriven som en del av en serie [telekonferens] diskussioner vi satte upp och inkluderade [National Institute of Allergy and Infectious Diseases Director Anthony Fauci] och [National Institutes of Health Director Francis Collins] samt en liten grupp från USA, Storbritannien, Europa och Australien”, skrev Farrar.

Alla sju sidorna är redigerade.

Som svar på US Right to Know-rapportering sa Andersen i en tweet att idén att detta dokument uppstod ur en gemensam telefonkonferens var en "konspirationsteori", men utvecklade inte.

Samma dokument, "SummaryFeb7.pdf", skulle senare dyka upp när Fauci, Holmes och Andersen konfererade om hur man ska svara på ett anonymt tips som delas med Cohen, reportern för Science Magazine.

Holmes skulle beskriva dokumentet för Cohen som en sammanfattning av det kommande manuskriptet med "proximalt ursprung", och sa att det var i stort sett oförändrat från versionen som skulle visas i en vetenskaplig tidskrift i mars, enligt ett mejl som journalisten släppte i slutet av 2022.

På mindre än en vecka hade Andersen och Holmes gått från att plågas över att sprida nyheten för världen att SARS-CoV-2 var konstruerad till att förbereda sig för att berätta för världen att det var omöjligt.

6: 52 am

Farrar delade utkastet med deltagarna på samtalet den 1 februari. Farrar sa att de fortfarande tryckte på för att erhålla sekvensdata för pangolin-coronavirus som ryktas ha ett furinklyvningsställe.

Farrar ber om feedback på två möjligheter: Naturlig evolution och seriepassage i labbet.

"Finns det något mer i relation till vad som verkar vara de två möjligheterna: natur, omedelbar värd, evolution och passage?" han skrev.

Farrar frågade också om författarna överhuvudtaget borde publicera verket.

Som svar ställde Drosten en fråga till gruppen: Varför överhuvudtaget ge syre till möjligheten till ett labbursprung?

"Arbetar vi på att avslöja vår egen konspirationsteori?" han frågade.

8: 10 pm

Holmes svarar med att betona att många i Kina tror att ett labbursprung till covid-19 är möjligt.

"Ända sedan det här utbrottet startade har det förekommit förslag om att viruset flydde från Wuhan-labbet, om så bara på grund av sammanträffandet av var utbrottet inträffade och platsen för labbet", sa Holmes. "Många människor där tror på detta och tror att de blir ljuga för."

Dessa farhågor ökade när Wuhan Institute of Virology publicerade ett förtryck som indikerade att de hade tagit prov på RaTG13, ett virus som till 96 procent liknar SARS-CoV-2, sa Holmes.

"Jag tror att syftet/frågan här är om vi som vetenskapsmän ska försöka skriva något balanserat om vetenskapen bakom detta? Det finns argument för och emot att göra detta”, fortsatte Holmes. "Personligen, med pangolinviruset som har 6/6 nyckelställen i receptorbindningsdomänen, är jag för den naturliga evolutionsteorin."

9: 21 pm

Farrar formulerade sitt mål för artikeln: Att rama in debatten om ett möjligt labbursprung till COVID-19 innan det genererade "potentiellt enormt skadliga konsekvenser" i ljuset av att man samlat misstankar bland reportrar och konton på sociala medier om att den spirande pandemin var kopplad till coronaviruslabbet vid dess epicentrum .

"Syftet med detta var att sammanföra en neutral, respekterad, vetenskaplig grupp för att titta på data och på ett neutralt, övervägt sätt ge en åsikt och vi hoppades kunna fokusera diskussionen på vetenskapen, inte på någon konspiration eller annan teori och att lägga ner ett respekterat uttalande för att rama in vilken debatt som helst – innan den debatten går över styr med potentiellt enormt skadliga konsekvenser.”

10: 15 pm

Andersen klargjort för gruppen att hans avsikt var att trycka tillbaka på teorier om labbursprung, men att det inte fanns tillräckligt med bevis.

”Vårt huvudsakliga arbete under de senaste veckorna har varit att vederlägga någon typ av labbteori, men vi befinner oss vid ett vägskäl där de vetenskapliga bevisen inte är tillräckligt avgörande för att säga att vi har högt förtroende för någon av de tre huvudteorierna som övervägs”, skrev han.

Han sa att han hoppades att koronavirus som ryktas om att hittas i pangoliner med stor likhet med SARS-CoV-2 skulle vara den sista pusselbiten i att förvirra diskussioner om ett labbursprung. Bland konspirationsteorierna listade han: "bioteknik", något som han ansåg som en möjlighet några dagar tidigare.

"För tillfället har det att seriöst överväga labbteorin varit mycket effektivt för att motverka många av de cirkulerande konspirationsteorierna, inklusive HIV-rekombinanter, bioteknik, etc," sa han.

Ändå uttryckte han behovet av att ta itu med det faktum att arbete pågår med coronavirus vid Wuhan Institute of Virology i ett BSL-2-labb, en relativt låg biosäkerhetsnivå. Han tyckte också att furinklyvningsplatsen förtjänade ytterligare granskning.

Andersen rådde gruppen att vänta på mer data, inklusive pangolin-coronavirus, för att "komma ut med några starka avgörande uttalanden som är baserade på den bästa data vi har tillgång till."

9 februari 2020: "Detta kan slå tillbaka"

Koopmans, chef för en virologisk avdelning i Nederländerna som skapade rubriker för forskning om "gain-of-function", föreslog att man inte skulle publicera om möjligheten till en labbflykt alls.

Koopmans föreslog att skrota möjligheten av en labbflykt som en hypotes i artikeln av rädsla för att det skulle "generera sina egna konspirationsteorier."

11 februari 2020: "En mardröm av indicier"

9: 01 am

Lipkin mailade sina medförfattare om en "mardröm av indicier" som pekade på Wuhan Institute of Virology, enligt Vanity Fair.

"Det är välmotiverat och ger ett rimligt argument mot genteknik. Det eliminerar inte möjligheten för oavsiktlig frigivning efter anpassning genom urval i kultur vid institutet i Wuhan”, skrev Lipkin. "Med tanke på omfattningen av fladdermus-CoV-forskning som bedrivs där och platsen för uppkomsten av de första mänskliga fallen har vi en mardröm av indicier att bedöma."

2: 30 pm

Gap träffade Baric, en virolog som samarbetade med Wuhan Institute of Virology, inklusive arbete med att öka sin funktion på coronavirus som skrämde Fauci och författarna av "proximalt ursprung."

Emily Erbelding, chef för NIAID:s avdelning för mikrobiologi och infektionssjukdomar, anslöt sig till mötet. Erbelding kan vara "Emily" som har till uppgift att undersöka om NIAID hade kopplingar till Barics arbete den 1 februari.

13 februari 2020: "Inte mitt expertområde"

CDC National Center for Immunization and Respiratory Diseases Direktör Nancy Messonnier ⁠— som rapporterar till Redfield⁠— bad Fauci om mer klarhet om National Academies rapport om SARS-CoV-2:s ursprung.

Fauci beskrev de telefonkonferenser och e-postmeddelanden som sammankallats av Farrar och sa att han har anslutit sig till två av dessa samtal.

"Det finns en ad hoc-grupp som informellt leds av Jeremy Farrar från Wellcome Trust", skrev Fauci. "Denna grupp har cirka 15 personer, som alla är högt respekterade forskare, mestadels evolutionsbiologer som samlas via e-post och konferenssamtal (jag har varit på 2 av dessa samtal sedan Jeremy bjöd in mig) för att titta på hela fladdermusen, pangolin och mänsklig koronavirussekvens för att försöka fastställa det evolutionära ursprunget."

"Detta är inte mitt expertområde så jag har backat och överlåter allt till Jeremy," tillade Fauci.

17 februari 2020: Preprint publiceras

Korrespondensen är publicerad som förtryck på virological.org.

Februari 19, 2020: "Fördömer kraftigt konspirationsteorier"

Ett brev i The Lancet att "kraftigt fördöma konspirationsteorier som tyder på att covid-19 inte har ett naturligt ursprung" inkluderar Farrar som undertecknare.

EcoHealth Alliance President Peter Daszak organiserade brevet men utelämnade medvetet EcoHealths partnerskap med Wuhan Institute of Virology och namnet på University of North Carolinas virolog Ralph Baric, en ingenjörsexpert i coronavirus som arbetar med EcoHealth och labbet, för att låtsas vara opartisk.

Brevet uppmanade offentligt WHO att spela en roll för att stävja teorin om labbläckage.

The Lancet citerade National Academies brev, även om brevet inte hade hävdat att viruset hade ett naturligt ursprung, trots Andersens påtryckningar.

Det är inte exakt klart när Farrar valde att skriva under The Lancet-brevet, men e-postmeddelanden visar att ett första utkast skickades till potentiella undertecknare den 6 februari.

6 mars 2020: "Tack för dina råd och ditt ledarskap"

Tidningen har godkänts av Nature Medicine. Andersen tackar Fauci, Farrar och Collins för "råd och ledarskap" med tidningen, delar en pressmeddelande, och frågar om de har några ytterligare förslag. Andersen slingor i Garry, Rambaut och Lipkin.

"Kära Jeremy, Tony och Francis,

Tack igen för dina råd och ditt ledarskap när vi har arbetat igenom SARS-CoV-2 "ursprungspapper". Vi är glada att kunna säga att uppsatsen precis godkändes av Nature Medicine och bör publiceras inom kort (inte riktigt säker på när).

För att hålla dig uppdaterad ville jag bara dela den accepterade versionen med dig, samt ett utkast till pressmeddelande. Vi väntar fortfarande på korrektur, så låt mig veta om du har några kommentarer, förslag eller frågor om tidningen eller pressmeddelandet.

Tony, tack för det raka samtalet på CNN i går kväll – det uppmärksammas.”

8 mars 2020: "Bra jobbat på tidningen"

Fauci svarar: "Tack för ditt meddelande. Bra jobbat på tidningen."

17 mars 2020: "Förlåt, konspirationsteoretiker"

Tidningen publiceras i Natur Läkemedel och förkastar teorin om labbläckage i ännu starkare ordalag än förtrycket. Tidningen får mycket uppmärksamhet i media.

Fox News: "Coronaviruset flydde inte från ett labb: så här vet vi"
Vice News: "En gång för alla gjordes det nya coronaviruset inte i ett labb"
ABC News: ”Förlåt, konspirationsteoretiker. Studien drar slutsatsen att COVID-19 inte är en laboratoriekonstruktion"

Trots forskarnas starka uttalanden och definitiva rubriker, skulle Holmes säga två och ett halvt år senare att forskarna aldrig hade tänkt att uppsatsen skulle vara det sista ordet.

"Det är bara ett papper. Det är inte ett påvligt dekret. Det är inte en statlig order. Om du inte håller med om det, kan du inte hålla med om det." sa han i slutet av 2022. "Det är vetenskap, eller hur?"

26 mars 2020: "Vissa människor gör till och med upprörande påståenden"

Collins publicerar ett blogginlägg förstärker studien, men nämner inte hans eget engagemang i dess utformning.

"Vissa människor gör till och med upprörande påståenden om att det nya coronaviruset som orsakade pandemin konstruerades i ett labb och medvetet släpptes för att göra människor sjuka," han skrev. "En ny studie avfärdar sådana påståenden genom att tillhandahålla vetenskapliga bevis för att detta nya coronavirus uppstod naturligt."

Brevet med "proximalt ursprung" hade enorm PR-kraft, men det hade också inflytande bakom kulisserna. 

Namnlösa icke-statliga vetenskapsmän gav en briefing till utrikesdepartementet om tidningen kort efter att den publicerats, enligt en rapport av avdelningens Bureau of Intelligence and Research.

Och enligt Daszak, hjälpte brevet att avskräcka nationella säkerhetstjänstemän från att undersöka möjligheten av ett labbursprung till COVID-19 från 2020 fram till mitten av 2021, enligt ett mejl som erhållits av US Right to Know.

16 april 2020: "Undrar om det finns något NIH kan göra för att hjälpa till att slå ner denna mycket destruktiva konspiration"

Under ämnesraden "konspiration tar fart" frågar Collins Fauci - kopierar NIH-underordnade Lawrence Tabak, Cliff Lane, John Burklow - om fler idéer om hur man "lägger ner" teorin om labbläckage.

Undrar om det finns något NIH kan göra för att hjälpa till att slå ner denna mycket destruktiva konspiration, med vad som verkar växa fram:

https://www.mediaite.com/tv/foxs-bret-baier-sources-increasinglyconfident-coronavirus-outbreak-started-in-wuhan-lab/

Jag hoppades att Nature Medicine-artikeln om den genomiska sekvensen av SARS-CoV-2 skulle lösa detta. Men fick nog inte så mycket synlighet. Något mer vi kan göra? Be National Academy väga in?”

17 april 2020: "Det är ett glänsande föremål som kommer att försvinna med tiden"

2: 45 pm

Fauci säger till den berörda Collins: "Jag skulle inte göra något åt ​​det här just nu. Det är ett glänsande föremål som kommer att försvinna med tiden.”

6: 22 pm

vid en Vita husets presskonferens, Fauci citerade "proximalt ursprung" och berättade för reportrar att viruset verkligen uppstod naturligt. Fauci antog den fras som Andersen hade rekommenderat till National Academies.

Han beskrev genomet som "helt överensstämmande med ett hopp av en art från ett djur till en människa."

"Jag har inte författarna just nu, men vi kan göra det tillgängligt för dig," sa han.

20 april 2020: "Kan du snälla hjälpa mig att få en kopia av det papperet?"

En reporter med Washington Examinator följde upp med NIH efter presskonferensen för att be om en kopia av tidningen.

"Dr. Fauci sa på fredagen att han skulle dela en vetenskaplig artikel med pressen om ursprunget till coronaviruset. Kan du snälla hjälpa mig att få en kopia av det pappret?” han skrev.

Fauci svarade personligen och delade med sig av papperet "proximalt ursprung". Fauci delade också ett pappermedförfattare av Holmes med titeln "Ett genomiskt perspektiv på ursprunget och uppkomsten av SARS-CoV-2" och Holmes' medföljande uttalande. Holmes hävdar i uttalandet att RaTG13 togs från Yunnan-provinsen, medan COVID-19 först dök upp i Wuhan, och att 20 till 50 år av utveckling skulle krävas för att omvandla RaTG13 till SARS-CoV-2.

Maj 5, 2020: 'Vi uppskattar djupt dina ansträngningar för att styra och skicka meddelanden'

Lipkin, en medförfattare till tidningen, vidarebefordrade Fauci ett e-postutbyte med Chen Zhu, Kinas tidigare hälsominister, om covid-19s ursprung.

"Vi uppskattar djupt dina ansträngningar för att styra och skicka meddelanden", skrev han.

Detaljerna om hans utbyte med Chen är mestadels redigerade.

"Osäkerhet om ursprunget till covid-19-pandemin orsakar friktion över hela världen, särskilt mellan Kina och USA. Det råder enighet om att orsaksmedlet, SARS-CoV-2, har sitt ursprung i en fladdermus. Det finns också en hög grad av förtroende för att viruset inte modifierades medvetet i något laboratorium”, står det delvis i Lipkins anteckning.

25-27 juli 2020: "Här är vad en person ... säger bakom dina ryggar"

7: 22 am

An anonym tipsare mejlade Cohen, journalisten med Science Magazine, om den okända "bisarra bakgrunden" bakom tidningen.

"Hej Jon, med tanke på dina senaste omnämnanden av ursprunget till SARS-CoV-2 tänkte jag att du kanske skulle vara intresserad av att höra den bisarra bakgrunden till tidningen "The proximal origin of SARS-CoV-2" (https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9).

E-postmeddelandet avslöjade den hemliga telefonkonferensen den 1 februari för journalisten, inklusive detaljen att två ledare inom biomedicinsk finansiering hade varit närvarande: Fauci och Farrar.

Tipsaren skrev att författarna av "proximalt ursprung" hade varit övertygade om ett labbursprung före telefonkonferensen med andra virologer med mer erfarenhet av coronavirus.

Två icke namngivna koronavirologer vid samtalet den 1 februari hade "skolat" de virologer som i slutändan författade korrespondensen med "proximalt ursprung", enligt tipsarens berättande.

Dessa andra coronavirologer, även om de inte krediterades på den slutliga uppsatsen, hade övertygat dem om att genomet trots allt inte visade några tecken på ingenjörskonst.

(Efterföljande e-postmeddelanden som offentliggjorts under FOIA skulle visa Fouchier är viktig men okrediterad inflytande på artikeln.)

27 juli, 3:02

Cohen vidarebefordrade meddelandet till två källor: Holmes och Andersen.

"Här är vad en person som påstår sig ha direkt kunskap säger bakom dina ryggar ..." skrev han.

27 juli, 6:05

Andersen och Holmes konfererade med Fauci och Farrar om hur de skulle svara.

Andersen frågade Fauci om han hade några "bekymmer eller kommentarer" om att bekräfta att telefonkonferensen den 1 februari 2020 ägde rum med honom närvarande. NIH har redigerat denna detalj från tidigare släppta versioner av detta e-postmeddelande.

"Vi måste svara tillbaka till Jon, vilket skulle behöva inkludera att bekräfta att det här mötet verkligen ägde rum med dig och Jeremy närvarande. Vänligen meddela mig om du har några kommentarer, frågor eller funderingar i detta avseende”, skrev Andersen.

Andersen bifogade också dokumentet "Summary.Feb7.pdf".

Cohen skrev aldrig om tipset. Telefonkonferensen skulle inte offentliggöras förrän om ytterligare ett år.

Cohen berättade för US Right to Know att han beslutade sig för att inte skriva om tipset eftersom det enligt hans uppfattning innebar ett litet klagomål över kredit.

Reportern släppte svaret han fick från Holmes i ett blogginlägg i oktober 2022, reagerar på tryck från "spekulationsfyllda rapportering och Twitterstorms", såväl som rädslan för att NIAID skulle bli tvungen att släppa den genom rättstvister med andra nyhetsredaktioner och opinionsbildningsorganisationer. Han sökte tillstånd från Andersen, som bad att han skulle lämna ut sitt mejl även till Fauci.

Holmes och Andersens svar på tipset tar upp tipsarens anklagelse om att de "spridde ryktet" om att SARS-CoV-2 var konstruerad.

Augusti 19, 2020: 'En bedrövlig attack på det traditionella sättet'

Collins och Fauci konfererar med tidigare NIH-direktör Harold Varmus om tre nyhetsartiklar.

en artikel beskriven ett brev från Michael Lauer, NIHs biträdande direktör för extramural forskning, som söker labbböcker och en inspektion av Wuhan Institute of Virology genom EcoHealth Alliance som ett villkor för att återinföra ett anslag.

"Hela det här avsnittet är bara en bedrövlig attack på det traditionella sättet NIH har upprätthållit sin integritet", sa Varmus i artikeln.

A andra artikeln postulerade ett labbursprung till SARS-CoV-2.

En tredje artikel rapporterade det NIAID hade tilldelat ett nytt bidrag till EcoHealth Alliance, trots att de inte uppfyller de villkor som satts av Lauer.

27 augusti 2020: NIAID delar ut finansiering till EcoHealth, Andersen

NIAID tilldelas $ 82 miljoner över 5 år till ett nätverk av nya Centers for Research in Emerging Infectious Diseases, inklusive Andersens labb och EcoHealth Alliance. (Garry, en annan författare till uppsatsen "proximalt ursprung", är en huvudutredare på ett CREID-projekt med Andersens labb.)

"Påverkan av covid-19-pandemin fungerar som en kraftfull påminnelse om den förödelse som kan orsakas när ett nytt virus infekterar människor för första gången", sa Fauci i ett uttalande. "Kunskapen som vi får genom denna forskning kommer att öka vår beredskap för framtida utbrott."

30 mars 2021: "Extremt osannolikt"

Världshälsoorganisationens rapport om covids ursprung är släppt avfärda ett labbursprung som "extremt osannolikt" men generaldirektör Tedros Adhanom Ghebreyesus föreslår omedelbart att utredningen är ofullständig.

Daszak och Koopmans, två forskare som hade avfärdat teorin om labbläckage i februari 2020 – Daszak genom The Lancet och Koopmans genom en icke avslöjad roll i att skriva "proximalt ursprung" - bestod av två medlemmar i teamet.

Smakämnen bilaga till WHO:s rapport visade att när utredare besökte Wuhan Institute of Virology, citerade labbledningen "proximalt ursprung."

"Ett papper från ledande virologer i Nature motbevisade idén om en bioteknisk källa," sa Shi till WHO-teamet.

Juni 1, 2021: 'Ett tydligt exempel på den vetenskapliga processen'

redigerad e-postmeddelanden som släppts av BuzzFeed News efter en FOIA-process avslöjade att virologerna bakom "proximalt ursprung" ursprungligen hade funnit att genomet "inte överensstämmer med förväntningarna från evolutionsteorin."

Andersen nekade idén att NIH format artikeln. Andersen raderade tweets innan han tillfälligt inaktiverade sitt Twitter-konto mitt i motreaktionen.

"Vad e-postmeddelandet visar är ett tydligt exempel på den vetenskapliga processen," sa han till New York Times i ett e-postmeddelande.

Juni 20, 2021: 'Jag vill vara tydlig med att jag aldrig föreslog att du skulle ta bort … förtrycket'

Fred Hutchinson Cancer Research Centers evolutionära biolog Jesse Bloom kontaktade Collins och Fauci om en kommande preprint-rapportering att NIH raderade tidiga SARS-CoV-2-genomiska data som provades i Wuhan från dess offentliga databas, och för att fråga om att återställa andra data som kan ha varit raderade som kan kasta ljus över virusets utveckling.

Collins planerade ett Zoom-samtal till den 20 juni, en söndag, enligt a Vanity Fair-rapport.

NIH-ledarna bjöd in två av medförfattarna till uppsatsen "proximalt ursprung": Andersen och Garry.

Andersen uppmanade Bloom att tillåta honom att spetsa förtrycket, enligt Blooms anteckningar. Fauci tog avstånd från dessa kommentarer från Andersen, men bad Bloom att inte använda ordet "i smyg".

Bloom avböjde att radera sin tidning.

12 januari 2022: "Det kommer bara att ge bränsle till konspirationerna"

Kongresspersonal och NIH förhandlade fram ett avtal om att se oredagerade kopior av e-postmeddelanden som erhölls av BuzzFeed i juni i Camera. Med andra ord kunde kongresspersonalen se e-postmeddelandena på NIH, transkribera dem och beskriva deras innehåll, men inte reproducera kopior.

De helt oredigerade anteckningarna visade starkt oro bland författarna om ovanliga egenskaper hos genomet.

Garry insisterade på att NIH:s deltagande inte påverkade deras analys i mejl till The Intercept.

"Inte heller Drs. Fauci eller Collins redigerade vårt Proximal Origins-papper på något sätt. Den viktigaste feedbacken vi fick från telefonkonferensen den 1 februari var: 1. Försök inte skriva en uppsats alls — det är onödigt eller 2. Om du skriver det, nämner du inte ett labbursprung eftersom det bara kommer att fylla på med bränsle till konspiratorer”, sa Garry i ett mejl till outleten.

Efter att berättelsen publicerats mailade Garry en uppföljande kommentar: "En sak som kan misstolkas är att varken Dr Fauci eller Dr Collins på något sätt föreslog att vi inte skulle skriva Proximal Origin-uppsatsen. På samma sätt föreslog ingen av dem att vi inte nämner möjligheten till ett labbursprung. Det här var kommentarer från andra i e-postmeddelanden efter samtalet.”

1 juli 2022: Lipkin avslöjades för att vara tidigare EcoHealth-partner

Lipkin, en medförfattare av "proximalt ursprung", befanns en gång ha varit det presenteras som en "partner"på EcoHealth Alliances webbplats.

Lipkin, en gång en EcoHealth Alliance-partner, berättade för kollegor i ett e-postmeddelande från 2017 från US Right to Know att han arbetade direkt med forskare vid Wuhan Institute of Virology.

"Vi kunde ha varit med i utvecklingen av det här labbet. Det är inte för sent att förlova sig”, sa Lipkin. "Jag har besökt Wuhan och har aktivt samarbete med forskare i Wuhan genom USAID/PREDICT och CAS."

Dessa konflikter redovisas inte i tidningens avsnitt om intressekonflikter.

31 juli 2022: Koppling mellan Holmes och Wuhan Institute of Virology

Hundra sextiotre delsekvenser som beskriver SARS-liknande coronavirus dök upp i en NIH-databas, men försvann snabbt från databasens sökresultat. (Dessa delsekvenser förblir sökbara för personer som känner till sina anslutningsnummer.)

Två av författarna är Shi, senior forskare vid Wuhan Institute of Virology, och Holmes, en medförfattare till uppsatsen "proximalt ursprung".

Uppladdningarna ingår partiell sekvenser av RaTG13, ett kusinvirus till SARS-CoV-2.

"Det som verkligen var chockerande med dessa bidrag var att mitt namn stod på dem ... jag kunde inte räkna ut. Jag tänkte, "varför är jag inne på det här?", sa Holmes i en Intervju september 2022. "Sedan tittade jag tillbaka och det visade sig att det var den här tidningen som aldrig publicerades."

Holmes hade bidragit med analys och hjälpt till att skriva en opublicerad artikel om fladdermuskoronavirus i januari 2018 på begäran av en Shanghai-forskare vid namn Jie Cui, sa han.

"Det är bara några [fylogenetiska] träd och några rekombinationsanalyser," sa Holmes. "De är särskilt intresserade av vad de kallar den "södra härstamningen", och var det fanns SARS1, och var SARS1-fladdermusvirus finns i Guangdong och Yunnan-provinsen. … Finns det någon härstamning som går längs den södra delen av Kina?”

En handfull tidskrifter avvisade uppsatsen eftersom den inte innehåller fullständiga genom. Cui kämpade för att få hela genomen. Tidningen drogs tillbaka i oktober 2018.

"Det är därför jag helt glömde bort det, eftersom det aldrig publicerades," sa Holmes.

Holmes har tillhandahållit delsekvenserna till Världshälsoorganisationens vetenskapliga rådgivande grupp om ursprunget till nya patogener, som undersöker ursprunget till covid-19.

Kopplingen mellan Holmes och Wuhan-labbet har inte avslöjats Nature Medicine.

Samtidigt har Holmes avfärdade farhågor att hans bidrag till denna tidning kan grumla hans analys av ursprunget till COVID-19 som ett "idiotiskt påstående."

"Jag glömde verkligen bort den här tidningen," tillade han.

Rättelse, 12/8/22: Den här historien rapporterade felaktigt att det ännu inte var känt att pangoliner inte såldes på Huanan Wholesale Seafood Market när "proximalt ursprung" skrevs i februari 2020. Det hade faktiskt rapporterats i februari 7, 2020, att pangoliner inte fanns i marknadens lager.

Rättelse, 10/25/22: Den här historien felkarakteriserade en studie av 2015 års coronavirus gain-of-function som att ha gått framåt efter en paus med gain-of-function arbete med SARS, MERS och influensaarbete hävdes 2017. Faktum är att NIH hade beviljat ett undantag till studieförfattarna under pausen.