När kom viruset verkligen till Italien?

Den världsomspännande spridningen av coronaviruset i veckor innan det först identifierades under de döende dagarna 2019 har fortsatt att fascinera observatörer, inte minst på grund av vad det innebär för meningslösheten i de extrema ingreppen baserat på den falska tron ​​att den inte redan var här .

Den här gången förra året jag sammanfattas vad vi då visste från studier och andra bevis om denna tidiga spridning. Jag hävdade att bevisen skulle tyda på att viruset dök upp runt september eller oktober 2019 i eller nära Wuhan och spred sig globalt under den hösten och vintern. Det var dock inte det dominerande viruset under den vintersäsongen och spred sig på låg nivå utan att producera märkbara överdödsfall (det fanns inte heller någon av de dödliga medicinska, politiska och sociala reaktionerna vid den tiden, förstås).

Tyvärr sågs inte mycket som ytterligare bevis för tidig spridning under 2023. Detta är synd som Världshälsoorganisationen, redan 2020, med rätta uppmanade länder att undersöka denna kritiska fråga för att fylla i vår bild av virusets ursprung. Det upprepade denna begäran i juni 2022. Däremot under 2023 WHO överges dess ursprungsundersökning som hopplös på grund av bristande samarbete från regeringar, vilket betyder att utsikterna att komma till botten med denna fråga håller på att blekna.

En sak vi kan göra är dock att försöka få fram nya insikter från de data vi redan har, och kanske en dag, när den nuvarande skörden av misstänkt ointresserade ledare har gått vidare, kommer spåret att plockas upp igen av uppriktiga människor som vill att komma till sanningen och ha resurserna att göra det.

Med detta i åtanke har jag under de senaste dagarna återigen tittat på några av de viktigaste studierna av tidiga spridning, särskilt den av Amendola et al. tittar på molekylära bevis i pre-pandemiska prover från mässlingspatienter i Lombardiet, Italien.

De viktigaste resultaten visas i tabellen ovan. Efter att ha testat 44 prover från augusti 2019 till februari 2020 var 11 (25 %) positiva för SARS-CoV-2 viralt RNA. Observera att detta inte var det fullständiga virala genomet. Istället testade forskarna endast för vissa fragment av genomet (observera tabellrubrikerna: NsP3, RdRp, Spike A, Spike B) med hjälp av RT PCR. De negativa i RT PCR-kolumnen visar att inget av proverna blev positivt på en standard PCR-analys. Författarna säger faktiskt att alla positiva framkom först efter två omgångar av amplifiering, d.v.s. genom att använda produkten från en första PCR som inmatning i en andra PCR: "Alla prover som vi identifierade som SARS-CoV-2-positiva (pre- pandemi och pandemifall) var positiva först efter två omgångar av amplifiering."

Vad detta betyder är att vi kan prata om små mängder RNA i proverna som plockas ut och amplifieras, vilket avsevärt ökar chanserna för falska positiva på grund av kontaminering eller korsreaktion med andra virus. Två omgångar av PCR behövs normalt aldrig för att upptäcka SARS-CoV-2 hos infekterade individer. Forskarna säger att de svaga resultaten är ett resultat av "låg virusmängd" - även om det i så fall verkar göra premissen för deras studie, att dessa människor var på sjukhus med mässlingssymtom som ett resultat av Covid-infektion, något osannolikt. Hur kan ett virus i en oändligt låg koncentration orsaka mässlingsutslag?

Hur det än må vara, det som fångade mitt öga är att alla pre-pandemiska positiva i tabellen är positiva för bara ett fragment av virus-RNA:t, förutom ett. Det ena provet (nummer nio) togs från en kvinna på 25 år i sydöstra Milano den 15 december 2019. Det var positivt för tre fragment, vilket gör det till det starkaste beviset i studien av förekomsten av en sann infektion.

Detta datum – den 15 december – ringde en klocka eftersom jag kom ihåg att det sammanföll med den tidigaste PCR-positiva från avloppsvattenstudier i Italien, som identifierade SARS-CoV-2 RNA i avloppsvatten, återigen från Milano, den 18 december 2019 (se tabell och diagram nedan).

Detta sammanfallande av det första italienska avloppsvattnet positivt med vad som kan vara det första eller enda verkliga positiva från Amendola-studien slog mig som en pekare som inte bör ignoreras. Det tyder på att virusets uppkomst i Italien kan ha varit mer lik november än september 2019, och att Amendolas tidigare svaga resultat var mer sannolikt att vara falska positiva. Observera att andra bevis för avloppsvatten verkar bekräfta denna bild, till exempel brasilianskt avlopp som blev PCR-positiv från den 27 november 2019 men inte tidigare.

Det verkar högst osannolikt att viruset kunde ha funnits hos en fjärdedel av människorna på sjukhusen i Lombardiet med mässlingsymtom i september, oktober och november 2019, men att viruset inte visar sig i avloppsvattnet förrän i mitten av december. Avloppsvatten är en eftersläpande indikator, visst, men 25 % är en enorm andel och det släpar inte så mycket.

Om min tolkning är korrekt och viruset inte spreds internationellt före oktober 2019, hur kan vi förklara antikropparna (IgM, IgA, IgG) som fanns i många av studiens tidiga prover, och även i 12 av kontrollproverna som går tillbaka till oktober 2018 (och möjligen tidigare, hade de testats)? Amendola och kollegor själva antyder inte att "SARS-CoV-2"-antikropparna de hittade i kontrollproverna (från oktober 2018 till juli 2019) verkligen var från viruset, så de ansågs därför vara korsreagerande.

Denna fråga vinner kraft när vi inser att Amendola et al. var inte de enda som hittade så tidiga antikroppar. Apolone och kollegor också hittade Covid-19-antikroppar i lagrade italienska prover (denna gång från lungcancerscreening) som går tillbaka till september 2019 (tyvärr har forskarna i detta fall inte testat några prover tidigare än detta eller genomfört några tester för viralt RNA).

Den mest uppenbara förklaringen till dessa tidiga antikroppar skulle vara korsreaktion med liknande antikroppar. Men vad denna förklaring inte verkar förklara är det slående faktum att de tidiga antikropparna i både Apolone- och Amendola-studierna var koncentrerade till de delar av Italien och Lombardiet som i februari och mars 2020 drabbades värst av virus. Denna korrespondens är en slående slump. Det behöver någon form av förklaring. Men vad?

Här är den geografiska spridningssiffran från Apolone. Grupperingen av pre-pandemiska antikroppspositiva kan tydligt ses i Lombardiet och, inom Lombardiet, i Bergamo, de platser som drabbades värst våren 2020. Faktum är att över hälften av Apolones pre-pandemiska antikroppspositiva var i Lombardiet.

Amendola visar ett liknande mönster och rapporterar dess tidiga positiva resultat i de delar av Lombardiet som senare drabbades värst våren 2020.

De första pre-pandemiska fallen var huvudsakligen lokaliserade öster om Milano och Brescia (september-oktober 2019), medan senare fall identifierades i nordvästra Milano (november-december 2019). Inga fall rapporterades från Como, Monza-Brianza och Varese, städer som inte påverkades särskilt av Covid-19 under den första epidemivågen

Om, som jag har föreslagit, dessa antikroppar inte kom från Covid-19 (eftersom viruset inte kom till Italien förrän omkring november 2019) utan berodde på korsreaktion med liknande antikroppar, hur förklarar vi att de är koncentrerade i exakt platserna som senare drabbades av starka första Covid-vågor?

Detta är en fråga som jag föreslår att de som studerar Covids ursprung och tidig spridning undersöker ordentligt. Är det bara för att dessa områden är särskilt mottagliga för coronavirusinfektioner? Kanske, men i så fall vore det intressant att veta varför.

För min del undrar jag om det kan vara ett resultat av antikroppsberoende förstärkning (ADE). Detta är ett fenomen där, för att citera Wikipedia, "bindningen av ett virus till suboptimala antikroppar ökar dess inträde i värdceller, följt av dess replikation".

Kan dessa liknande, korsreagerande antikroppar förklara varför Lombardiet drabbades så hårt i den första vågen – led befolkningen av ett mycket olyckligt fall av ADE som kraftigt förvärrade spridningen och utvecklingen av sjukdomen i den första vågen? Kan detta ha varit fallet i andra tidiga hotspots också, som New York? Vi tenderar att tänka på korsreagerande antikroppar som att ge ytterligare skydd och möjligen förklara varför vissa människor och regioner hade ett mildare förlopp. Men skulle de, där ADE förekommer, också kunna förklara motsatsen?

Det är verkligen värt att överväga när vi fortsätter att undersöka när exakt detta virus först dök upp och var det kom ifrån.

Publicerad från The Daily Skeptic