Jag ska berätta detta med en suck
Robert Frost
Någonstans åldrar och åldrar därav:
Två vägar divergerade i en skog, och jag—
Jag tog den mindre reste av,
Och det har gjort hela skillnaden.
Jag föddes som en ortodox vetenskapsman, ploppade ut på ett transportband av konventionella akademiska löften. Det var min mamma en känd molekylärbiolog och mentor som närde min vetenskapliga nyfikenhet från ung ålder, som förklarade celler medan vi satt runt middagsbordet, som berättade för mig berättelser om fotosyntes som katalyserar omvandlingen av koldioxid till socker och syre när jag bara var 5 år gammal.
"Vad är koldioxid?" Jag skulle fråga.
"Bra fråga!" utbrast min mamma med smittande entusiasm. "Hela universum, allt du kan se, känna och röra vid, består av atomer..." Hon tog tag i min arm och sa "Om du zoomar in på din hud kommer du att upptäcka att den består av levande bubblor som kallas celler. Om du zoomar in i celler ser du att de består av ännu mindre saker som kallas molekyler – fetter, proteiner, sockerarter, molekyler, och ser om du zoomar in i celler de består av byggstenar som kallas atomer. Koldioxid är en molekyl, som består av en kolatom och två syreatomer. Det mesta av luften vi andas består av koldioxid...när vi andas in, andas vi in syre, och när vi andas ut, andas vi ut koldioxid..." Hon skulle andas in i luften och andas in i luften. min flingor.
Det räcker med att säga att jag, född med ett sådant rå vetenskapligt privilegium av en briljant mamma, klarade mig bra i skolan. Jag älskade allt jag studerade, hade två examina som huvudämne – biologi och tillämpad matematik – och hade nästan biämnen i kemi och psykologi. Jag forskade som grundutbildning och jag blev antagen till ett prestigefyllt National Science Foundation Graduate Research Fellowship Program. Jag sökte till många doktorandprogram och blev antagen vid Harvard, Stanford, Princeton och mer. Jag fick en doktorsexamen från Princeton på 4.5 år som jag studerade under en berömd rådgivare – Dr Simon Levin – och jag gick vidare till ett postdoktoralt stipendium vid Duke University.
Jag fortsatte längs den akademiska ortodoxins väg och arbetade på ett DARPA-finansierat team som studerade spridning av fladdermusvirus med start 2017. Jag hjälpte teamet jag arbetade med att skriva ett framgångsrikt DARPA PREEMPT-anslag som syftade till att förutsäga spridningen av fladdermus-henipavirus och förebygga uppkomsten av dessa farliga virus. Jag publicerade tidningar, utvecklade nya och innovativa metoder vid gränserna för både matematik och biologi. Jag följde en primrosväg som pekade rakt mot akademins salar kantade av porträtt av tidigare akademiker, med stora förhoppningar på mitt eget porträtt i slutet av salen.
Det var då. Den ortodoxa vägen jag tittade ner 2019 är nu kvävd i dimma, de kungliga salarna och porträtten är uppslukade av lågor, den akademiska drömmen är död.
Vad hände? Var gick jag snett?
Vid vilken tidpunkt tog jag vägen som jag inte färdats förbi?
Mina heterodoxa synder
Som vetenskapsman kan jag inte låta bli att bryta ner det jag har observerat i en serie konkreta enheter av tid och kausalitet, händelser vars mysterier och skäl jag kan hoppas förstå. Om jag förstår varje händelse individuellt, kanske hela röran av händelser kan vara mer vettig.
Covid-19-pandemin var början på slutet på min ortodoxa självbild. En serie händelser började avslöja att jag inte är konventionell, och i dessa händelser insåg jag inte bara att jag inte är konventionell, utan jag insåg att akademin är ovänlig mot det okonventionella. Nedan följer händelser av intressen, de okonventionella ställningstagandena jag intog och den behandling jag fick.
Förutsäga en pandemi
I slutet av januari till början av februari 2020 hade jag analyserat falltillväxthastigheter i Wuhan, fallrapporter som hittade höga falska negativa frekvenser av PCR-tester, den klassiska bayerska fallstudien av överföring med ospecifika symtom och mer, och jag kom att tro att en pandemi var oundviklig. Mina uppskattningar av falltillväxthastigheter var mycket snabbare, och mina metoder skilde sig från konventionella metoder eftersom jag hade erfarenhet av att uppskatta tillväxthastigheter för bestånd med metoder som inte är vanliga inom epidemiologi. Snabbare falltillväxt ledde till uppskattningar av högre prevalens, ökat förtroende för ett större subkliniskt isberg av fall, satte tillbaka det beräknade datumet för utbrott på platser anslutna till Wuhan, minskade oddsen för att screening av resenärer skulle stoppa en pandemi och ökade oddsen för en pandemi.
Jag försökte dela mina resultat av 2-3 dagars dubblering med akademiker i mitt DARPA PREEMPT-team, men en professor från Oxford sa minnesvärt att han inte har tid för mig och, enkelt uttryckt, har mycket mer förtroende för team från Harvard, Imperial College London och London School of Hygiene and Tropical Medicine än "en postdoc i Montana." De stora institutionerna uppskattar alla 6.2 dagars fördubblingstider, låga subkliniska frekvenser och höga odds för framgångsrik inneslutning, så bara på grund av deras meriter hade han – min egen lagkamrat – inte tid för min heteroxi. Andra i min omloppsbana var lika motvilliga, med en professor som hävdade att om jag delade med mig av mina resultat och jag hade fel, kunde det fångas upp av Fox News, utlösa självgodhet och jag kunde vara direkt ansvarig för miljontals dödsfall.
I det här fallet valde jag att hålla mina upptäckter privata. Det här är varningarna som världen aldrig hörde, sa den heterodoxa Cassandra att de inte är en epidemiolog och pressades att stanna i deras körfält. Istället för att dessa fynd informerade människor om en annalkande pandemi, användes de för att hjälpa en hedgefond att korta marknaden.
The Influensa-Like Illness (ILI) Paper
Eftersom jag trodde att det fanns en högre prevalens och snabbare tillväxt, antog jag att det skulle finnas en ökning av patienter som skulle söka vård i stora amerikanska storstadsområden som NYC i mars-april 2020. Som en konsekvens av denna matematiska framsynthet höll Justin Silverman, Nathaniel Hupert och jag tummarna för pulsen och övervakade influensaliknande patienters rapportering av CDC:s datauppsättning. sentinel primärvårdsgivare med influensaliknande sjukdom (ILI).
Vi hittade en enorm ökning av patienter i mars 2020. Vi omvandlade denna ökning av andelen patienter som upplevde ILI till en uppskattning av det råa antalet: 8 miljoner överskottspatienter, mycket mer än de <100,000 XNUMX fall som dokumenterades vid den tiden. Vår tidning var plockas av Ocuco-landskapet Ekonom, och omedelbart attackerades vi av andra forskare (inte slumpmässiga troll) som anklagade oss för att störa folkhälsobudskapet, minimera Covid (för fler fall innebar färre dödsfall per fall) och utlösa självgodhet. Till och med på min egen arbetsplats gick några av forskarna som avskräckte mig från att dela mina fynd från februari 2020 längre och började samlas på Twitter eller till och med i våra Slack-kanaler, och hittade många möjligheter att kritisera mig eller frustrera mina ansträngningar att tillhöra det vetenskapliga samfundet.
Hösten 2020 prognoser
Enligt min teori, teorin som förutspådde en pandemi och ökningen i mars 2020 med två dagars fördubbling av intensivvårdsinläggningar mellan NYC-leverantörer, var det troligt att ökningen av mars-april 2 i New York City slutade på grund av utarmningen av den mottagliga befolkningen, ett tillstånd av befolkningen som vi kallade "före Covidherd immunitet."
Om detta var sant, skulle vi kunna jämföra framtida utbrott med utbrottet i NYC och upptäcka att framtida utbrott såg att fallen toppade med en dödlighet i befolkningen som liknar den i NYC. Jutsin Silverman och jag utvecklade en instrumentpanel som vi skulle använda för att övervaka utbrott för jämförelse med NYC-kurvan och sommaren 2020 såg vi många oförmättade utbrott som bekräftar "The NYC Line." Siffrorna nedan tar lite tid att förstå, men de är i huvudsak tidsserier om en belastningstid, vilket gör det möjligt för oss att vid liknande belastningar jämföra tillväxttakten för utbrott som äger rum vid olika datum.
I augusti 2020 delade jag dessa fynd med CDC:s prognosteam, vilket gav sammanhang för framtida utbrott – om de amerikanska utbrotten skulle se fallen toppa med 1 dödsfall per 1,000 2020 capita, skulle min teori som utvecklats sedan februari XNUMX ge en förklaring till varför: flockimmunitet.
Hösten 2020-utbrotten över hela USA bekräftade universellt "The NYC Line" som en övre gräns för utbrottsintensitet (både hastighet och börda), särskilt de utbrott i stater eller län som inte gjorde mycket för att mildra spridningen av Covid-19.
Jag gjorde vackra figurer som belyste detta fynd vackert. Men under hösten 2020 Stor Barrington-deklaration (GBD) skrevs och påpekade att våra modeller kan överskatta pandemins svårighetsgrad (vilket mina resultat också tyder på) och inneslutningspolicyer kan orsaka skada. Medan GBD kallades strategin för "flockimmunitet", nämnde författarna inte flockimmunitet, även om jag personligen tror att utbrotten under hösten 2020 nådde en topp på grund av flockimmunitet, vilket framgår av deras konvergens med NYC-linjen. Nedan är det härledda fasdiagrammet över alla >3,000 XNUMX amerikanska läns utbrott som rör sig mot sina toppar under NYC-linjen långt innan vaccinerna anlände och med belastningar som är mycket mindre än konventionella uppskattningar som anges med den streckade linjen.
I oktober 2020 krävde min postdoc-rådgivare att jag inte skulle dela mina resultat. Hon var orolig att mina påståenden om flockimmunitet skulle kunna störa hennes relation med delstatsregeringen, eftersom delstatsregeringen gav henne 1 miljon dollar för att göra test- och spårningsexperiment på campusbefolkningen, experiment som inte behövdes enligt min teori. Enligt min teori borde delstatsregeringen allokera resurser till stam- och landsbygdssamhällen som saknar bostäder utanför församlingen och tillgång till vård, inte leka med experiment som sätter studenter i karantän.
Jag lämnade min position vid Montana State University på grund av dessa meningsskiljaktigheter, till slut med läxan jag lärde mig från Covid-korten: om att se något och säga något inom min expertis strider mot konventionen, då skulle jag hellre dela mina resultat och bli kritiserad än att inte dela mina resultat och se världen lida i oförberedd okunnighet.
Försvar av John Ioannidis
Dr. John Ioannidis är en känd professor vid Stanford. Han skrev artiklar tidigt i Covid-19-pandemin och hävdade att vi fattade beslut inför osäkerhet, att vår policy kan orsaka skada och att pandemin kanske inte är så illa som förutsetts av konventionella team.
Dr. Ioannidis blev förtalad av vokala akademiker på Twitter. Dessa akademiker trodde att Ioannidis var en minimerare, och de skulle kritisera honom vid varje tillfälle.
Vid ett tillfälle publicerade Dr. Ioannidis en artikel där han upptäckte att akademiker med många Twitter-anhängare faktiskt inte hade så många uppsatser eller citat; med andra ord, de människor som centrerar sig själva som "experterna" på Twitter kanske inte är de bästa människorna att konsultera för expertis. Dr. Ioannidis publicerade tidningen med Twitter-handtag, och många akademiker började ett korståg och hävdade att publicering av en tidning med Twitter-handtag är oetiskt, ett brott mot IRB-reglerna och en form av trakasserier som kan leda till att forskare hamnar i mål.
Jag var oenig. Jag hävdade att denna regel var på väg att hitta på – Twitter-handtag är allmänt tillgänglig data och det finns inget behov av en IRB för att analysera och publicera data i det offentliga området. Dessutom hade många av samma personer som kritiserade John Ioannidis för trakasserier av vetenskapsmän i stort delat och stött en MIT-grupp som publicerade handtag som de kallade "anti-mask". Jag hävdade att om det var någon etik i fråga här, så är det den selektiva uppfinningen av forskningsetisk upprördhet att attackera Ioannidis, och den tvivelaktiga etiken hos forskare som fäster nedsättande etiketter som "antimask" till grupper av människor som de färgar som antimask i sina diagram.
Avtagande immunitet
Under hypotesen att utbrott hösten 2020 nådde en topp vid flockimmunitetströskelvärden, är det enda sättet vi kan förklara uppföljande utbrott genom en blandning av avtagande immunitet och immunflykt.
Jag rörde kort mina fötter på ortodoxins väg genom att arbeta med ett team på London School of Hygiene and Tropical Medicine när de förstod den första varianten av oro, Alpha. Jag arbetade på hedgefonder och analyserade SPAC (förvärvsföretag för specialändamål, i princip private equity-företag för börsintroduktioner) och gav en fyndig "IPO"- eller "initial fylogenetisk observation"-analys av överförbarheten av B.1.1.7.
Enligt min teori skulle vi dock förvänta oss att se Alpha orsaka större vågor på platser med tidigare utbrott, förmodligen platser som hade lägre ökningar under hösten 2020. Det var precis vad vi såg, och detta gav bevis på avtagande immunitet.
Tyvärr ansågs avtagande immunitet felaktig information vid tidpunkten för denna upptäckt, eftersom avtagande immunitet antydde att vaccininducerad immunitet kan avta. Om naturlig och vaccininducerad immunitet avtog, skulle vi förvänta oss att se ökningar i USA kanske 6 månader efter utbrottet hösten 2020 och överföringshastigheten i dessa uppföljningsutbrott skulle vara mest negativt förknippad med den kumulativa bördan i dessa utbrott och inte ha någon negativ korrelation med vaccinationsfrekvensen. I juli 2021 var det faktiskt vad vi såg.
Om immuniteten avtar, förändras kostnads-nyttoförhållandet för en policy som kräver vaccin. Man skulle kunna motivera att man måste vaccinera om utbrotten hösten 2020 inte var naturliga trösklar för flockimmunitet och immuniteten inte avtar. Ur min teoretiska synvinkel var det tyvärr troligt att utbrott hösten 2020 nådde en topp vid naturliga flockimmunitetströsklar och immuniteten avtog, vilket ifrågasatte klokheten i att kräva vacciner som medför vissa risker och som inte kommer att förhindra framtida infektioner.
Så småningom, i augusti 2021, publicerade CDC resultaten av ett utbrott i Provincetown som visar obestridliga bevis på 100 % immunundandragande, där patienter med vaccin hade samma förekomst som patienter utan vaccin.
Samma teori om naturliga flockimmunitetströsklar hösten 2020 och immunundandragande i Delta ledde till teorin att framtida utbrott skulle ha karakteristiska tidsskalor eftersom de utarmar de mottagliga populationerna i relativt oförmögna utbrott som brinner genom populationer vars immunitet avtagit. Ovan ser vi Omicron-utbrotten i sydafrikanska provinser som definierar de karakteristiska tidsskalorna för Omicron-utbrotten i USA:s delstater, vilket återigen bekräftar denna teoretiska väg jag färdades efter.
Covid ursprung
Minns att jag innan Covid studerade patogenspillover från fladdermöss till människor och statistiska metoder för att tillskriva patogener till värdar eller källor. När jag väl var klar med utbrottsprognoserna återvände jag till frågan om patogenspillover, om tillskrivningen av detta biologiska ämne till källan varifrån det kom.
Jag läste litteraturen och fann att den saknades, att den drar okaraktäristiskt starka slutsatser baserade på felaktiga data, felaktiga analyser eller omotiverade antaganden. Jag skrev en artikel som kritiserade en tidning, Pekar et al., och hävdade att de två stora grenarna vid basen av SARS-CoV-2 evolutionära träd är bevis på två spillover-händelser. Vi visade att författarnas metoder inte motiverade deras slutsatser, och dessutom uteslöt de sekvenser som ogiltigförklarar deras premiss om två stora grenar vid basen av SARS-CoV-2 evolutionära träd. Detta gjorde förespråkare av zoonotiskt ursprung arg och satte ett mål på min rygg – läs kommentarerna i vårt förtryck för att få en glimt.
Mycket mer heterodox var nästa papper jag hjälpte till att skriva med Valentin Bruttel och Tony VanDongen. Teorin om labbursprung kretsade kring ett furinklyvningsställe som antas ha införts, men för att infoga ett furinklyvningsställe i ett coronavirus skulle man behöva göra en DNA-kopia av viruset. Vi hittade bevis i SARS-CoV-2-genomet som överensstämmer med de dominerande metoderna för att göra DNA-kopior av coronavirus.
Även detta togs upp av The Economist såväl som Telegraph och mer. I varje fall lyfte emellertid dessa tidskrifter kontroversen som tillverkats av ortodoxins väktare, som alla har nära kopplingar till antingen Wuhan Institute of Virology som tros ha utfört detta arbete, eller NIAID, den USA-baserade hälsovetenskapsfinansieringsbyrån som 2019 befanns ha finansierat de exakta forskarna som föreslog att infoga en kopia av en DNA-webbplats i Wuhan på en sajt för coronaviruset 2018.
Mitt straff
Medan färska bevis har bekräftat vår teori, ungefär som bevis från prov bekräftade min teori om Covid-utbrott och trösklar för flockimmunitet, verkar bekräftelse inte vara tillräcklig för att tillåta återinträde till akademin. Den giftiga tonen av meningsskiljaktigheter, de förkrossade egon från stora namnprofessorer som visade sig ha fel av själva data, har skapat en gemenskap av giftig, indignerad ortodoxi. Det finns inget hopp om återinträde för en syndare som jag, för efter tillräckligt många strider och skadade egon kommer det att finnas i varje kommitté, varje redaktion, varje konferensstyrelse, någon som jag har förolämpat med min heterodoxi.
Nu, i engagemang med ortodoxa akademiker som desperat vill försvara sin gräsmatta från de överväldigande horderna av data och bevis, är jag märkt av ett scharlakansröd alfabet av heterodoxi. Antivax, Brownstone Boy, Covid-minimering, Denialist och så vidare. Jag är i många parias ögon eftersom jag hade insikten att upptäcka saker och modet att stå fast vid mina upptäckter. Få saker förvärrar en indignerad seniors ego mer än en juniors vägran att ge efter, det är som om jag får skulden för boxarens fraktur i nävarna på de som slog ner på mig.
Jag ville dela denna resa för framtida forskare som ser framåt på sina karriärer, osäkra på vilken väg de ska ta. De vägskäl som jag har stött på här kommer att stötas på av andra. Du kanske hittar något, något unikt synligt för någon med din expertis, och du kan stöta på allt från missmod och rekommendationer till att inte dela ditt arbete, till direkt fientlighet och, om du delar ditt arbete, alienation från människor som du en gång trodde var dina kollegor eller vänner.
Du kommer att se tecken som pekar dig till ortodoxi. Du kommer att titta ner i det eländiga, variga, taggiga snåren av kontroverser längs heterodoxins väg, och du kan förståeligt nog frestas att inte bära Scarlet H. Om du försöker behålla din karriär som du alltid föreställt dig den, om du söker tröst och kollegialitet, så stick inte ut halsen, gör aldrig någonting av maktkritiska ställningstaganden. Du kan få ditt porträtt uppsatt i salarna i en byggnad, och du kommer aldrig att känna något annat än kärlek till byggnaden som har inkluderat dig, eller åtminstone versionen av dig som valde att inte göra något kontroversiellt.
Min avgång från ortodoxins nedförsbacke och min uppstigning uppför heterodoxins ansträngande kullar har verkligen gjort hela skillnaden. I mitt hjärta är jag fortfarande min mammas barn nyfiken på koldioxid, fascinerad av fotosyntes, i vördnad för atomer.
Genom att följa heterodoxins väg har jag blivit skrapad och mörbultad, slagen och sparkad, slagen och förföljd, uppsatt på en digital pelare och fått förolämpningar i ansiktet. Jag skulle göra allt igen, för bara på denna väg upptäcker du vem du är. Med tiden kommer du att hitta andra som också var modiga nog att stå fast vid sina principer, och en enda heterodox vän är en mäktigare allierad än 100 ortodoxa kollegor. Här på heterodoxins blåsiga, regniga kulle hittar du en gemenskap av de mest briljanta sinnen, sanna vänner som prioriterar tillhörighet framför tro, och du kommer att lära dig att skratta medan du blir slagen, att bli starkare medan du blir attackerad, att älska medan du är hatad.
Jag skulle inte rekommendera heterodoxins ansträngande uppstigning till en kollega, utan bara till de starkaste, mest briljanta, mest autentiska och modiga vännerna. Om du kan överleva uppstigningen, så kommer du på andra sidan att upptäcka dina styrkor och du kommer att trivas.
Du kanske föraktas av föraktliga människor som fann dig användbar när du formade din själ för att passa deras grepp, men du kommer också att bli beundrad av de beundransvärda heterodoxa vetenskapsmän som kom före dig. Du kommer att bli älskad och respekterad bland en mångfaldig gemenskap av autentiska, ohämmade själar, och även om vi inte håller med, kommer vi att göra det artigt och på ett sätt som säkerställer att du fortfarande hör hemma i vårt samhälle, för få förstår intoleransens frätande kraft bättre än de av oss som har förvisats till denna heterodoxa stad på en kulle.
Återpublicerad från författarens understapel
Gå med i konversationen:
Publicerad under a Creative Commons Erkännande 4.0 Internationell licens
För omtryck, vänligen ställ tillbaka den kanoniska länken till originalet Brownstone Institute Artikel och författare.
